3‑й отдел – борьба с немецкой агентурой, забрасываемой в тыл Красной Армии (начальник – полковник госбезопасности Георгий Валентинович Утехин);
4‑й отдел – работа на стороне противника для выявления агентов, забрасываемых в части Красной Армии (начальник – полковник госбезопасности Петр Петрович Тимофеев);
5‑й отдел – руководство работой органов «Смерш» в военных округах (начальник – полковник госбезопасности Дмитрий Семенович Зеничев);
6‑й отдел – следственный (начальник – подполковник госбезопасности Александр Георгиевич Леонов);
7‑й – оперативный учет и статистика, проверка военной номенклатуры ЦК ВКП(б), НКО, НКВМФ, шифрработников, допуск к совершенно секретной и секретной работе, проверка работников, командируемых за границу (руководитель, полковник А. Е. Сидоров, видимо, был назначен позднее, т. к. в приказе от 29 апреля 1943 года данные отсутствуют);
8‑й отдел – опертехники (начальник – подполковник госбезопасности Михаил Петрович Шариков);
9‑й отдел – обыски, аресты, наружное наблюдение (начальник – подполковник госбезопасности Александр Евстафьевич Кочетков);
10‑й отдел (отдел «С») – работа по особым заданиям (начальник – майор госбезопасности Александр Михайлович Збраилов);
11‑й отдел – шифровальный (начальник – полковник госбезопасности Иван Александрович Чертов).
Также имелись политотдел, состоявший из начальника – полковника Никифора Матвеевича Сиденькова и машинистки; аппарат 16 помощников (по числу фронтов) начальника ГУКР (69 человек, по должности – начальников отделений, старших оперуполномоченных и их помощников); административно-финансово-хозяйственный отдел (начальник – подполковник госбезопасности Сергей Андреевич Половнев); отдел кадров (начальник – полковник госбезопасности Иван Иванович Врадий) и секретариат (полковник Иван Александрович Чернов).
Численность центрального аппарата ГУКР «Смерш» НКО составляла 646 человек[18].
Заместителями начальника УКР «Смерш» НК ВМФ были генерал‑майоры береговой службы Алексей Павлович Лебедев и Сергей Григорьевич Духович.
Органам «Смерш» в Действующей армии была определена штатная численность сотрудников. Управлению фронта, насчитывавшего более пяти армий, полагалось 130 сотрудников, не более четырех армий – 112, армейским отделам контрразведки – 57, отделам контрразведки военных округов – от 102 до 193, причем наиболее многочисленным был ОКР «Смерш» Московского военного округа. Также были приданы войсковые соединения, охранявшие места дислокации органов военной контрразведки и фильтрационных пунктов, конвоировавшие арестованных военнослужащих Красной Армии. Так, ОКР «Смерш» бригады, дивизии и корпуса располагал для этих целей взводом, армейский отдел – ротой, управление фронта – батальоном.