Не менее важной проблемой, особенно для вновь созданных поселений, стала низкая ресурсная обеспеченность в первую очередь финансовыми средствами, квалифицированными кадрами, имущественной и материальной базой. Обеспечение муниципальных образований финансовыми ресурсами в объеме, достаточном для решения местных вопросов, выдвигалось в качестве одной из приоритетных целей реформирования местного самоуправления. Основными направлениями реализации этой цели стали: формирование муниципального уровня бюджетной системы, повышение самостоятельности региональных и местных расходов, более чёткое разграничение расходных обязательств и налоговых полномочий, отказ от использования при оплате труда работников бюджетной сферы Единой тарифной сетки и т. д. Однако, как показала практика, достичь существенных изменений не удалось, более того, в результате введения двухуровневой системы местного самоуправления проблема обеспеченности муниципалитетов собственными финансово-экономическими средствами ещё более обострилась. Это обусловлено рядом причин, наиболее существенны среди них следующие.
Во-первых, выбор англосаксонской модели в качестве исходной для местного самоуправления. Известно, что основой функционирования этого института является наличие в стране граждан-собственников, налоги с имущества которых и формируют большую часть местных бюджетов. Но в условиях российской действительности, когда более 60 % населения относится к категории бедных и малообеспеченных, реализация такой модели привела к крайней слабости или отсутствию собственной налогооблагаемой базы муниципальных образований.
Во-вторых, наделение конкретной территории статусом муниципального образования не было увязано с её социально-экономическим потенциалом, определяющим возможности обеспечения её самостоятельного (согласно конституционному требованию) функционирования и развития. То есть при формировании организационной структуры местного самоуправления главным стал принцип «транспортной доступности», а не «экономической самостоятельности», как это принято в развитых странах.
В-третьих, негативное влияние на состояние местных бюджетов оказала и реформа налогово-бюджетной сферы, одной из задач которой было снижение нагрузки на экономику. Но произошло это, по мнению экспертов, весьма односторонне: были уменьшены или вообще ликвидированы в основном те налоги, из которых формируются доходы региональных и местных бюджетов (такие, как, например, налог с продаж).