Таким образом, для исследования бессознательного патогенетическая психотерапия использовала в основном метод рациональной психотерапии. При этом В. Н. Мясищев писал, что было бы крайне легкомысленным представить себе, что достаточно разъяснить больному природу и симптомы его заболевания в свете павловского учения о неврозах, чтобы добиться его полного выздоровления (Мясищев В. Н., 1960). Смысл патогенетической психотерапии заключается в совместном с больным психогенетическом анализе источников его заболевания, с осознанием больным своих отношений как факторов развития невроза.
Вольф Лаутербах, написавший в 1978 году книгу «Психотерапия в Советском Союзе» (Lauterbach W., 1978), в которой центральное место отвел описанию и анализу патогенетической психотерапии, размещает метод В. Н. Мясищева на шкале психотерапевтических подходов между рациональной и каузальной психотерапией. И поясняет, что если рациональные психотерапевты объясняют пациентам на доступном для них языке этиологию их расстройств согласно концепции И. П. Павлова и показывают, что они ошибаются в той или иной сфере и должны измениться, то патогенетические психотерапевты не просто объясняют пациентам их нарушения в терминах патогенетической психотерапии. Они являются «рациональными психотерапевтами» лишь постольку, поскольку у них те же цели, но добиваются их путем постепенного осознания пациентом психологических причин своего расстройства (в понимании психогенетической концепции В. Н. Мясищева).
Другим слабым местом патогенетической психотерапии, наряду с ограничением непосредственного доступа к неосознаваемым психологическим содержаниям, является недостаточное использование ею катартических механизмов психотерапии, точнее, отсутствие технических средств, предназначенных для вызывания катарсиса.
Создатели патогенетической психотерапии постоянно подчеркивали, что процесс осознания должен быть эмоционально насыщенным в своей сущности. Осознание психологических механизмов болезни отнюдь не ограничивается когнитивной сферой (не сводится к так называемому интеллектуальному осознанию): бесполезно разъяснять пациенту психологические причины его расстройства, апеллируя к чистому разуму. Более того, некоторые пациенты догадываются о сути внутреннего противоречия или с легкостью принимают версию невроза, предлагаемую терапевтом, избегая тем самым конфронтации с тяжелыми внутренними переживаниями – истинным источником причин, лежащих в основе заболевания. На абстрактном уровне пациент может рассуждать о своем «трудном характере», создающем проблемы в отношениях с окружающими, объясняя его тяжелыми условиями детства, плохим воспитанием и пр., или вполне резонно объяснять особенности своего поведения «несоответствием между высокими требованиями и возможностями своей личности». В этих случаях «интеллектуальное осознание» следует рассматривать как один из вариантов психологической защиты. Для подлинного понимания психологических механизмов болезни интеллектуальное осознание должно дополняться осознанием эмоциональным. Патогенетическая психотерапия всегда подчеркивала важность того, чтобы психотерапевтический процесс был достаточно эмоционально насыщенным, наполненным переживаниями больного: эмоциональное отреагирование рассматривалось как один из важных механизмов лечебного действия психотерапии.