Филиал обвинялся в том, что плохо выполнял поручения дирекции Института, подчеркивалось, что он должен работать по заданиям Института. Фонд должен укомплектовываться по указаниям и спискам дирекции Института, составленным по заявкам секторов Института.
Все дирекции требовали как можно больше внимания к себе, и «стационарное ядро» библиотеки при Институте быстро должно было превратиться в полноценную Библиотеку КА при каждом Институте.
В битве с институтами за разумное комплектование филиалов Библиотека КА в 1933 г. получила поддержку Президиума Комакадемии. На одном из постановлений об организации научного кабинета стоит следующая резолюция: «Прошу взять за основу этот проект, договориться с тов. Усиевич. РАСТАСКИВАТЬ ЦЕНТРАЛЬНУЮ БИБЛИОТЕКУ ПО ИНСТИТУТАМ Президиум не даст. 10 августа 1933 г.». ФИО, к сожалению, неразборчиво.
В середине 1930‐х годов Библиотека Комакадемии сформулировала и предложила основные положения для работы филиалов при Институтах.
1. Научный филиал управляется заведующим, назначаемым Директоратом Института по согласованию с Директоратом БКА. Производственные планы филиала и изменения в них утверждаются Директоратом Института и Дирекцией БКА. Также решаются и принципиальные вопросы работы филиала. В пределах производственных планов распоряжаться работой филиала всецело принадлежит Институту. В помощь заведующей организуется Совет из представителей секций и общественных организаций Института.
Зав. филиалом входит в состав Постоянного совещания зав. библиотеками институтов (при Библиотеке КА).
2. Филиал содержится Институтом, отпускающим ему средства на приобретение книг и другие расходы библиотечного характера, на дополнительные работы, на хозяйственное оборудование и проч., а также оплачивает штатный состав филиала.
3. Книжный фонд филиала комплектуется в пределах, установленных Директоратом Института по согласованию с Библиотекой КА. Секции Института и отдельные научные сотрудники принимают деятельное участие в установке границ комплектования книжного фонда и содействуют своими указаниями текущему комплектованию.
4. Библиотека КА:
а) выделяет из своего фонда в постоянное пользование филиала дублетные экземпляры книг;
б) выделяет во временное пользование (в качестве передвижки) первые экземпляры книг, необходимые для работы Института, однако эти книги должны быть в кратчайшие сроки заменены другими экземплярами, приобретенными на средства Института;