Особые задачи были поставлены в отношении иностранных источников инноваций. Отражая неоднозначный эффект воспроизводства зарубежных связей, при сохранении и развитии кооперации с Западом в стране примерно на 30 % предполагалось снизить зависимость от зарубежных технологий.
При этом сохранение вертикальной иерархии управления становящейся НИС с государством во главе оставалось (приложение 13). Координацию инновационных стратегий министерств выполняла национальная группа по науке, технике и образованию при Госсовете. При этом ряд полномочий передавался местной власти. Это отразила и система финансирования их деятельности: в конце 2000-х годов объемы финансирования НИОКР из центра лишь на четверть превышали объемы на местах [Tang Li, 2009; Aghion, 2006].
Следуя плановым установкам, в настоящее время особое внимание государство стало уделять управлению стратегическими исследованиями и развитию человеческих ресурсов. В конце 2000-х годов в эту группу попадало до 42 % всех мероприятий, проводимых государством в рамках курса на развитие инноваций (см. приложение 15).
Вместе с тем, в отличие от случаев формирования НИС на базе рыночных систем, в Китае выполнение поставленных задач государственными организациями широко сочеталось с трансформацией деятельности существовавших прежде академических структур, их переводом на принципы рыночных отношений. До начала 90-х годов XX в. большая часть науки была сосредоточена в государственных НИИ (47 % занятых и 61 % расходов); научных отделах государственных предприятий (31 % занятых и 35 % расходов) и вузах (22 % занятых и 4 % расходов) [Lan Xue, p. 7]. Там преимущественно следовали принципам, характерным для прежней модели развития. Чтобы встроить науку в новую систему, с середины 80-х годов началась реформа этой сферы. Большинство прежних государственных институтов перешло на рыночные принципы хозяйствования. На базе совместных исследований, консультирования, оказания технических услуг и т. п. началось укрепление связей между научными центрами университетов и бизнесом. Сейчас такого рода деятельность обеспечивает почти половину доходов вузов от научных исследований.
Развитие рыночных отношений в научной сфере изменило структуру ее организации. В 90-х годах доля НИИ в общем объеме финансирования снизилась до 52,2 %, но возросла доля крупных и средних предприятий (38,7 %) и вузов (9,1 %). В начале 2000-х годов доля НИИ снизилась еще больше (27,3 %), а крупные и средние предприятия, напротив, стали главным объектом целевых вложений (61,2 %). Немного возросла доля вузов – 10,1 % [Lan Xue, p. 7]. Примерно в той же пропорции изменилось и число научно-исследовательского персонала.