Едва Петр Николаевич начал глубоко вникать в дела разведки, последовал приказ об освобождении его от должности. В анкете, которую позже заполнял Кубаткин, о службе в разведке он написал так: «С 15 июня по 7 сентября 1946 года – начальник Главного управления МГБ СССР».
Существует ряд версий неожиданного освобождения Кубаткина от должности. Одна из них предполагает, что он сам не считал возможным возглавлять столь ответственный участок, поскольку не имел опыта зарубежной работы и не знал иностранных языков. С этой версией трудно согласиться прежде всего потому, что Кубаткин обладал немалым опытом организаторской работы и уже приступил к формированию коллектива высокопрофессиональных разведчиков. Кроме того, военный человек, генерал-лейтенант Кубаткин, награжденный орденами Ленина, Кутузова I и II степени, Трудового Красного Знамени, двумя орденами Красной Звезды не мог спасовать перед трудностями. Военные люди не обсуждают приказы начальников, а выполняют их.
Если даже он и написал рапорт с просьбой освободить его от занимаемой должности, то это должно было быть вызвано совсем другими причинами. Они таились скорее всего в сфере большой политики, поскольку в это время раскручивалось так называемое «ленинградское дело», подробности которого не подлежали огласке. Сфабрикованные ближайшим окружением Сталина обвинения против «участников этого дела», обвиненных в попытке раскола партии, а также в шпионаже привели к жестокой расправе над ленинградскими руководителями.
Всем осужденным было предъявлено обвинение в том, что, якобы создав антипартийную группу, они проводили вредительскую подрывную работу, направленную на противопоставление Ленинградской партийной организации Центральному Комитету партии, превращение ее в опору для борьбы с партией и ЦК ВКП(б). Жертвами репрессий в связи с «ленинградским делом» стали все руководители областной, городской и районных партийных организаций, почти все советские и государственные деятели, которые после Великой Отечественной войны были выдвинуты из Ленинграда на руководящую работу в центральные партийные и советские аппараты, а также в областные партийные организации. Толь – ко в Ленинградской области были освобождены от партийной и советской работы более двух тысяч коммунистов.
Но пока был жив Жданов, Кубаткина не арестовывали. Сначала его направили руководить областным Управлением государственной безопасности в город Горький, а затем – заместителем председателя Саратовского облисполкома. Лишь в июле 1949 года была получена санкция на арест Кубаткина, а 27 октября 1950 года он был расстрелян.