Изменник сбежал в Польшу, но оказался там никому не нужен. Он пробовал сноситься с царем, чтобы снова вернуться в его подданство, но поляки перехватили письма и казнили его. В октябре 1659 г. в Переяславле была созвана еще одна рада. Она избрала гетманом сына покойного вождя, Юрия Хмельницкого. Малороссия заново принесла присягу царю. Но «вольности», дарованные ей, были после случившегося немного ограничены. В московском правительстве было создано специальное учреждение для контроля за здешним краем – Малороссийский приказ. В пяти крупнейших городах должны были находиться русские воеводы с гарнизонами. Впрочем, гарнизоны у них были маленькие и полномочия небольшие. Вмешиваться в местное самоуправление они не имели права. Разве что присматривали.
Увы, это не помогло. Юрий Хмельницкий не шел ни в какое сравнение со славным отцом, в народе его презрительно прозвали «Юрась-небожчик». Он изменил так же легко, как Выговский. Поляки щедро посулили, поманили, и в разгар сражений Юрий перекинулся на сторону врага. В результате под Любартом была окружена и погибла еще одна русская армия Василия Шереметева. Хотя события пошли по прежнему сценарию. Предателю отказались повиноваться Левобережье Днепра, Киев, Запорожская Сечь. Хмельницкий с поляками и татарами нападал на них. На помощь пришло войско Ромодановского, прижало Юрия к Днепру и разгромило в пух и прах. Юрий растерял всех сторонников…
Но в условиях постоянных мятежей и ударов в спину Россия не смогла в полной мере реализовать плоды достигнутых побед. Войну со Швецией, невзирая на все успехи, пришлось завершить «вничью». Царские войска оставили Юрьев (Тарту) и другие города Прибалтики, занятые ими. Отказались от попыток возвратить территории, которые Швеция отобрала у нашей страны в годы Смуты, – Ижорскую землю по Неве, Карелию, крепости Орешек, Ям, Копорье.
Да и с Польшей война слишком затянулась, начались поиски компромиссного мира. А на Украине низвержение Юрия Хмельницкого отнюдь не принесло успокоения и единения. Наоборот, казачьи старшины раскололись. Левобережное начальство старалось подстроиться к Москве, выпрашивало чины и пожалования. Но правобережные полковники под власть России так и не вернулись. Проводили свои рады, избирали отдельное руководство, возобновили переговоры с поляками, соглашаясь подтвердить Гадячский договор, вернуться под власть короля.