Патриарх, таким образом, лишился своей неограниченной de jure власти, которая оказалась раздробленной на две части: в церковных делах он был подчинен Синоду, в гражданских – смешанному совету. Вследствие подвижности состава Синода в нем не могло быть опытных членов. Иерархи, имевшие двухлетний опыт Синодальной деятельности, сменялись новыми, зачастую мало знакомыми с направлением центральной администрации и привносящими свои мнения и симпатии. Смена членов Синода предоставляла широкие возможности для интриг, а когда Патриарх оказывался в изоляции, он был вынужден «добровольно» отказываться от престола. Нестабильность патриаршего престола во второй половине XIX в. оставалась такой же, как и прежде. В 1860–1900 гг. престол последовательно занимали десять Патриархов. Самым значительным нововведением было образование смешанного совета, через который константинопольские миряне получили реальную возможность воздействовать на церковную политику. Полномочия совета были весьма обширными: он ведал даже тем, насколько хорошо Патриарх заботится о принадлежащих Церкви святынях и их имуществах. Узнав о проступках клириков, члены совета были обязаны доносить Патриарху и Синоду и предлагать меры воздействия на виновных. Допуск мирян в церковные дела прокладывал путь к политизации Церкви, которая попадала в зависимость от националистически настроенных греческих богачей Константинополя, тесно связанных с правительством Греческого королевства, в свою очередь, являвшегося проводником политики западных держав, в первую очередь Великобритании. Крайний греческий национализм был тем веянием, которое привнес в церковную жизнь второй половины XIX в. смешанный совет. Результатом стало обострение в церковной жизни национальных вопросов, в первую очередь вопроса болгарского.[11]
Мнения российских политиков относительно преобразований разошлись. Если посланник А. П. Бутенев скептически относился к реформам, усматривая в них лишь орудие, направленное против России[12], то его преемник, А. Б. Лобанов-Ростовский, приветствовал их и видел в них средство для установления порядка в церковных делах. Со стороны Русской Церкви преобразования встретили сильную критику. В первую очередь, против них выступил влиятельнейший из русских иерархов середины XIX в. митрополит московский Филарет (Дроздов). Дух смешанного совета, «пренебрегающий церковными правилами и вековым обычаем, поставляющий себя выше Синода, не обещает спокойствия», – писал он.