Но к 1821 г. отношение турецких властей к православным грекам в Палестине начало быстро ухудшаться, греческих монахов все чаще стали обвинять в шпионаже в пользу России, в укрывательстве русских солдат и оружия, что давало почву для открытого преследования монастырей, избиения монахов, их арестов и даже пыток.
К моменту начала греческого восстания против власти Порты (1821) Рос сия после очередной победы над Турцией, закрепленной в статьях Бухарестского мирного договора 1812 г., и победы над Наполеоном была очень влиятельным государством на Востоке, ее влияния чрезвычайно опасались все европейские державы. Александр I, верный принципам «Священного союза» о поддержании любой законной власти против восстаний подданных, осудил греческое национальное движение против «законной» власти султана. Кроме того, оно наносило урон внешнеполитическим интересам России в Турции. Но одновременно Россия не могла не сочувствовать борьбе за освобождение от многовекового турецкого ига своих единоверцев греков, особенно когда стали известны ужасные подробности расправы над греческим патриархом Григорием V и тремя митрополитами, повешенными в полном облачении на воротах Греческой патриархии в Стамбуле 10 (22) апреля 1821 г. (в день Пасхи).
Восстание началось 24 февраля 1821 г. с воззвания генерал-майора русской службы князя Александра Ипсиланти «В бой за веру и отечество», опубликованного в Яссах. Через месяц восстание уже распространилось на саму Грецию. Несмотря на увольнение А. Ипсиланти с русской службы и официальное осуждение восстания Российским правительством, отношения с Портой стремительно ухудшались.
В Министерстве иностранных дел России столкнулись две партии: графа К. В. Нессельроде, сторонника Австрии и ее канцлера Меттерниха, и графа И. А. Каподистрия, уроженца острова Корфу (входившего в Республику Семи островов), сторонника сближения с Францией, освобождения европейских владений Турции от власти султана и создания там христианских государств под эгидой России (оба руководили Российским МИДом с 1816 г.). Но даже граф Каподистрия неодобрительно отнесся к греческому восстанию, считая его преждевременным. Однако вскоре он, захваченный событиями, начал оказывать повстанцам не только моральную (приветствуя независимость Греции), но и финансовую поддержку. Каподистрия выдвигал планы вооруженного вмешательства России, отвергнутые Александром I, склонившимся к мнению Нессельроде. За свои грекофильские настроения граф Каподистрия был в 1822 г. отправлен в бессрочный отпуск и поселился в Женеве.