Энрике IV пытался выдать свою сестру Изабеллу замуж, предлагая ей несколько кандидатов, но она отвергла его варианты, избрав Фердинанда, принца Арагонского. Инициатива венчания исходила от архиепископа Каррильо и ее духовника – аббата Томаса де Торквемады. Изабелла привыкла верить словам духовных пастырей. К тому же девушке столько рассказывали о будущем женихе, что юная принцесса заочно его полюбила. Вся эта история с тайной женитьбой ей казалась волнующей и романтичной. И крайне политически выгодной. Бракосочетание было тайным, так как король Энрике не дал на него своего разрешения. Свита жениха прибыла в Кастилию, переодевшись купцами. Действительность не обманула ожиданий Изабеллы – принц сразу понравился принцессе. Рассказывают также о смелом поступке Изабеллы, отказавшейся следовать монаршему протоколу: Фердинанд при встрече обязан был поклониться и поцеловать кастильской принцессе руку, демонстрируя подчиненное положение Арагона. «Мы равные, – решила она, – и встретимся как равные, пусть это будет счастливым началом нашего союза». Среди драгоценностей, принадлежавших королеве, были две особо ей дорогих – рубин и жемчужное ожерелье, подаренные Фердинандом еще до венчания; они есть на свадебном портрете. Видимо, подарок этот Изабелле был очень дорог, так как она мягко уходила от укоров своего духовника, требовавшего сдержанности в одежде, и эти два знака внимания ее возлюбленного были с ней неизменно – до момента, когда она подарила их невесте сына, Маргарите Австрийской.
Так как супруги приходились друг другу родственниками (их дедушки, Энрике III Кастильский и Фердинанд I Арагонский, были родными братьями), требовалось разрешение папы. Чтобы уладить этот вопрос, Хуан II Арагонский, отец жениха, посылал своих людей к папе Павлу II. Но решить проблему им не удалось – Папа отказался давать разрешение, побоявшись резкого осуждения со стороны Энрике, а также Франции и Португалии. Тем не менее свадьба состоялась, а необходимый документ был сфабрикован. 1 декабря 1471 года он был подписан следующим папой Сикстом IV, а число поставили то, которое требовалось.
Энрике объявил сестру нарушившей договор и по этой причине лишенной престола. Но сторонники Изабеллы поднялись в защиту ее прав, и борьба за престол возобновилась. В ходе ее Энрике умер, и кортесы признали Изабеллу королевой, при этом было принято постановление, что управление государством должно принадлежать исключительно Изабелле и участвовать в нем Фердинанд может лишь как ее уполномоченный, но акты о назначении на должность и произнесение судебных приговоров должны совершаться от имени обоих супругов; имена их должны чеканиться на монетах, но казна и войско Кастилии и Леона находятся в исключительном распоряжении Изабеллы.