В годы Великой Отечественной войны развитие криминалистики было подчинено необходимости оказания содействия правоохранительным органам в борьбе с преступностью в тылу и на фронте.
В 1942–1943 гг. в Ашхабаде в Военно-юридической академии Красной Армии были подготовлены и выпущены работы М. Н. Богатырева «Следы автотранспорта и следы с мест происшествия на нем», С. А. Голунского «Допрос на предварительном следствии», Ю. М. Кубицкого «Осмотр места происшествия по уголовным делам» и ряд других особо актуальных для того времени пособий.
Многие положения криминалистики использовались для разработки указаний, наставлений и инструкций, содержащих рекомендации и требования по повышению эффективности расследования преступлений в условиях войны. Так, Б. И. Шевченко и Н. В. Терзиев в 1943 г. подготовили «Методические указания по собиранию и оформлению сравнительных материалов для экспертизы письма», которые нашли применение в практике расследования преступлений. А. И. Винберг, К. И. Петров и Ф. В. Сафонов разработали в 1944 г. «Наставление по расследованию дел о хищениях, недостаче, порче и засылке грузов на морском и речном транспорте». В том же году, но уже в Москве, было разработано «Наставление для военных прокуроров и следователей морского и речного флота».
По мере становления науки криминалистики повышалось ее значение и в практической деятельности правоохранительных органов.
В 1944 г. была организована Центральная криминалистическая лаборатория НКЮ. В 1945 г. создается Научно-исследовательский институт криминалистики МВД СССР и расширяется система криминалистических подразделений органов милиции. В 1948 г. в Ленинграде открывается Научно-исследовательская криминалистическая лаборатория – первая из подобных учреждений, которые позже были организованы по всей стране. В 1949 г. создается Всесоюзный научно-исследовательский институт криминалистики Прокуратуры СССР. Повсеместно возрастает количество и разнообразие судебных криминалистических экспертиз и повышается их значение для изобличения лиц, совершивших преступления.
Постоянное увеличение количества частных криминалистических теорий и углубление их содержания уже в конце Великой Отечественной войны, а особенно в первые послевоенные годы, потребовало уточнения понятия предмета и системы криминалистического научного знания.