В том же году искатель истины во Христе отправился на Афон, где обрел духовника иеросхимонаха Арсения, старца, известного своей подвижнической жизнью. На Афоне Петр постригся в иноческий чин с именем Памва, а весной 1841 г. в русском Пантелеимоновом монастыре принял схиму с именем Парфений. Вскоре инок был послан на послушание в Россию собирать пожертвования для русского монастыря на Афоне. Во время этого странствия афонский монах убедил своих родителей оставить раскол и присоединиться к церкви. Тогда же о. Парфений посетил множество обителей и храмов центральной России, Молдавии, Болгарии, Турции. Странствие обернулось для инока тяжелейшими испытаниями: больше года он провел в остроге, страдал от тяжелых болезней и, наконец, в 1843 г. возвратился на Афон. После многотрудного путешествия и долгого вынужденного пребывания в миру о. Парфений получил благословение старца Иеронима (Соломенцова) на уединенную жизнь в келии святого великомученика Георгия. Однако в 1846 г. духовник Арсений не благословил о. Парфения долее оставаться на Святой горе, а послал инока в Сибирь, в Томскую губернию, не веля ему возвращаться на Афон. Тяжело переживая предстоящую разлуку с Афоном, о. Парфений отправился в Иерусалим, странствовал по Палестине, жил в Константинополе. Перед своим отъездом в Сибирь инок вновь оказался на Святой горе, где узнал о кончине о. Арсения. Только после смерти старца о. Парфений окончательно преодолел свое человеческое желание не расставаться с Афоном и, как истинный монах, покорился воле духовника.
В 1847 г. о. Парфений прибыл в Томск. В городском архиерейском доме по благословению епископа Томского и Енисейского Афанасия (Соколова) о. Парфений работал над созданием своей первой книги. Она была издана в 1855 г. при участии митрополита Московского Филарета (Дроздова) под заголовком «Сказание о странствии и путешествии по России, Молдавии, Турции и Святой Земле постриженика Святыя горы Афонския инока Парфения», вскоре, в 1856 г., последовало второе издание книги. После публикации «Сказания»[1]
Парфений продолжил писательскую деятельность, занимаясь главным образом обличительными сочинениями, направленными против раскола.
Живя в Томске, о. Парфений подавал в Синод прошение о принятии его в один из русских монастырей. Просьба инока долго оставалась без ответа, и только благодаря ходатайству митрополита Филарета, который надеялся «употребить» о. Парфения «для вразумления раскольников», афонский постриженик был принят в братство Гефсиманского скита Троице-Сергиевой лавры. Послушанием о. Парфения стали диспуты с раскольниками, которые монах должен был проводить на Сухаревском подворье лавры, в Москве.