Также Святейший Синод благословил проведение епархиального съезда духовенства и мирян для замещения Владимирской архиерейской кафедры. Острые политические события, происходившие в стране в это время, позволили созвать полноценный съезд для выборов нового владыки только в августе 1917 г. На предварительном голосовании, состоявшемся в ходе заседаний съезда 8 августа, епископ Евгений занял третье место, получив 84 голоса, и вместе с другими двумя кандидатами вышел во «второй тур». 9 августа в Успенском соборе г. Владимира состоялось окончательное голосование. Епископ Евгений, набрав всего 29 голосов, снова занял третье место. На втором оказался протоиерей Тимофей Налимов, главой же Владимирской кафедры стал архиепископ Сергий (Старгородский), впоследствии – митрополит, местоблюститель патриаршего престола, а в 1943–1944 гг. – Патриарх Всея Руси. Он получил именование архиепископа Владимирского и Шуйского. Вскоре Сергий утвердил распределение дел между викариями, в результате чего епископу Евгению было поручено назначать духовенство на священнические должности в Юрьевском и Покровском уездах. Также в его непосредственное ведение поступили духовное училище и женское епархиальное училище во Владимире. Резиденцией Евгения как первого викария епархии являлся архиерейский дом. Но когда это помещение заняла губернская чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией, саботажем и бандитизмом (ЧК), владыка был вынужден перебраться в Боголюбовский монастырь, находившийся за несколько верст от Владимира.
В это время на севере европейской территории России для местных структур Русской Православной Церкви сложилась очень непростая обстановка. В 1918 г. Олонецкая епархия осталась без архиерея, т. к. епископ Иоанникий самовольно покинул место служения, перебрался в Петроград и отказывался ехать обратно в Петрозаводск. Патриарх Всея Руси Тихон в ноябре 1919 г. назначил в вынужденно вдовствующую епархию епископа Евгения (Мерцалова). На территории, вверенной его попечению, в это время шла гражданская война: с севера, от Архангельска против большевиков наступали войска белого генерала Миллера. Из-за острой политической обстановки, складывавшейся в стране, процедура выборов нового епископа не состоялась. Владыка Евгений получил новое назначение административным порядком, по решению предстоятеля Русской Пр авославной Церкви.