М. Н. Шаромазов высказал предположение, что антиминс 1409 г. вовсе не относится к собору Ферапонтова монастыря, а был перенесен в него позже и происходит из одной из окрестных церквей[113]. Доводы М. Н. Шаромазова представляются достаточно убедительными, но все же они остаются гипотезой. Между тем, возможно и иное объяснение появления антиминса 1409 г. Почетный перевод Ферапонта из Белозерья в Можайск мог повлечь за собой значительные денежные пожертвования монастырю со стороны князя Андрея Дмитриевича Можайского, которые были употреблены на перестройку храма или вовсе на строительство новой, более просторной, церкви. Подобные замены в условиях деревянного строительства происходили чрезвычайно часто. Весьма вероятно, что в 1409 г. храм, построенный Ферапонтом и имевший самые скромные размеры, был расширен, что и вызвало необходимость его вторичного освящения, тогда как самый древний антиминс времен Ферапонта до наших дней не сохранился.
Два следующих по хронологии антиминса приходятся на 1466 и 1470 г. и принадлежат престолам Рождества Богородицы и Николая Чудотворца. К. К. Романов справедливо отмечает, что «церковь Рождества Богородицы… ко второй половине XV столетия обветшала, а главное, должна была оказаться недостаточной для потребностей сильно развившегося монастыря»[114]. Оба дошедших до нас антиминса были заготовлены одновременно, но соборный освятили 8 сентября 1466 г., тогда как Никольский – 5 июля 1470 г. К. К. Романов пишет, что сейчас невозможно установить, была ли «выстроена за 4 года отдельная деревянная церковь, престол которой был затем перенесен в дошедший до нашего времени соборный каменный храм, или же освящение придела в выстроенном в 1466 г. храме Рождества Богородицы было отложено до 1470 г.»[115]. Однако окажись Никольский храм отдельно стоящей церковью, для строителей каменного собора не было особых причин уничтожать деревянную церковь и переносить её престол в новый собор в качестве придела. Вероятнее всего, Никольский придел был задуман при строительстве нового деревянного храма, но по неизвестным нам обстоятельствам был освящён лишь в 1470 г.
Неизвестно, пострадал ли храм во время пожара 1488 г., о котором сообщает житие преп. Мартиниана[116], но вскоре после него было начато строительство каменного собора, который вместе с Никольским приделом был освящен 8 сентября 1490 г. По общепринятому мнению, заказчиком строительства каменного собора явился ростовский владыка Иоасаф (Оболенский), незадолго до того вернувшийся на покой в Ферапонтов монастырь. Исследования и обмеры, проведенные П. П. Покрышкиным и К. К. Романовым на начальном этапе изучения собора, уже в 1908 г. позволили им опубликовать в Известиях Императорской Археологической комиссии данные своих изысканий, а также проект реставрации памятника с восстановлением его первоначального облика, выполненный К. К. Романовым