За сезон 1921 г. В. В. Данилов полностью восстановил утраченные части кокошников и закрепил временную крышу[219]. Но в 1922 г. работы велись в других зданиях монастыря, и комиссия, осмотревшая собор в середине июля 1923 г., вновь отмечала неудовлетворительное состояние памятника. Особое опасение вызывала сырость в барабане собора, наносящая урон фрескам; для борьбы с нею было предложено в двух окнах барабана сделать форточки[220].
В 1923 г. В. В. Данилов работал только урывками из-за перебоев в финансировании. Тем не менее он приступил к перекрытию апсид с заменой прежнего покрытия на посводное, а также восстановил на них фигурный фриз и карниз. Крыша над сводами была вновь приподнята, на кокошниках были сделаны кружала и деревянная опалубка, а своды проложены рубероидом. Плотники даже изготовили три окончины для малого барабана, что свидетельствует о намерениях его восстановить[221]. Однако все эти работы не были завершены из-за недостатка средств, и даже крыша осталась на зиму без закрепления. В таком виде собор простоял до августа 1924 г.[222], и только в конце сезона В. В. Данилов смог завершить посводное покрытие апсид[223].
По всей вероятности, при обсуждении в Петроградских реставрационных мастерских плана на будущий 1925 г. было решено в обязательном порядке завершить не в меру затянувшуюся реставрацию Богородице-Рождественского собора. Об этом свидетельствует смета, составленная В. В. Даниловым в октябре 1924 г., в которую вошли все необходимые для этого виды работ[224]. Предварительно на одном из заседаний было предложено «из соображений практического характера», а также ввиду отсутствия должного надзора за памятником временно оставить четырехскатную крышу[225]. Для более прочного её крепления между закомарами и кокошниками делались в их высоту перемычки толщиной в полтора кирпича, на которые опирались бы стропила крыши. К этому моменту кокошники и закомары уже были восстановлены в первоначальной форме, поэтому крыша оказалась приподнятой значительно выше, чем до начала реставрации, и частично закрыла окна барабана. В связи с этим В. В. Данилов предлагал временно, до восстановления позакомарного покрытия, заложить кирпичом нижнюю, оказавшуюся закрытой, часть окон, дабы избежать протечек. Кроме того, предполагалось заменить железное покрытие крыши на медное, провести остекление окон и т. д. Все эти работы были выполнены в 1925 г.