Наибольшего рассвета монастырь достиг при игумене Мартиниане, принявшем постриг в Кирилло-Белозерском монастыре и бывшем долгое время келейником Кирилла. После того, как в 1432 г. Герман оставил игуменство, Мартиниан после уговоров братии становится игуменом Ферапонтова монастыря. Подробно освещенная в книге И. И. Бриллиантова деятельность Мартиниана выходила за рамки интересов Ферапонтова монастыря. Об этом говорит и его игуменство в Троице-Сергиевом монастыре на протяжении восьми лет (1447–1455), и содействие его Василию II Темному (1425–1462) в борьбе за великокняжеский престол[10]. Именно политическим и духовным авторитетом Мартиниана можно объяснить активное участие великокняжеской семьи в судьбе Ферапонтова монастыря во второй половине XV в. Сохранившиеся вкладные грамоты этого времени говорят о быстром росте монастырских землевладений и казны[11]. Очевидно, именно в эти годы была создана материальная база для начала каменного строительства в обители.
В 1446 г. происходят драматические события – великий князь Василий II был захвачен во время моления в Троице-Серигевом монастыре и ослеплен его противником Дмитрием Шемякой. Находясь в короткой ссылке в Вологде, ослепленный князь посетил Кириллов и Ферапонтово. Вернувшись на московский престол, Василий Васильевич переводит Мартиниана на игуменство в Троице-Серигев монастырь, который находился под его началом с 1447 по 1455 г. Все эти годы Мартиниан не только возглавлял первый по статусу монастырь Московской Руси, но и являлся духовником великого князя Василия Тёмного. Игуменом Ферапонтова монастыря на несколько лет становится Филофей – в прошлом Вологодский епископ. В 1455 г. Мартиниан возвратился на покой в Ферапонтово, где 11 января 1483 г. скончался и был погребен у южной стены еще деревянного Богородице-Рождественского собора. За период второй половины XV столетия во главе Ферапонтова монастыря стояло 10 игуменов, имена которых известны из монастырского Синодика 1641 г. и других документов[12].
Ферапонтов монастырь. Современный вид
Первый каменный собор во имя Рождества Богородицы был заложен вскоре после пожара 1488 г.[13], в результате которого пострадало большинство монастырских построек. В 1490 г., согласно обнаруженному К. К. Романовым антиминсу, собор был освящен