Существовавший в Пензе Спасо-Преображенский монастырь в 1764 г. оказался за штатом, т. е. был переведен на собственное содержание, и потому пришел в полный упадок. Жители города на собственные пожертвования перенесли монастырь на новое место и обстроили его «надлежащим каменным зданием в наилучшем виде». При этом ими было послано в Синод прошение, в котором говорилось о новом устройстве монастыря и об отсутствии в таком крупном городе, как Пенза, архимандрии или хотя бы игуменства. Завершалось прошение просьбой учредить такое управление в новоотстроенном Спасо-Преображенском монастыре[47].
Оба вопроса рассматривались в Синоде одновременно, причем был принят во внимание доклад о состоянии Ферапонтова монастыря, поданный митрополитом Гавриилом в 1790 г., т. е. еще до проведения ремонта. Принятое решение оказалось не в пользу Ферапонтова монастыря. Синод постановил упразднить Ферапонтов монастырь «за ветхостью оного, с обращением его в приходскую церковь, а состоящего же в городе Пензе заштатного Спасо-Преображенского монастыря о включении в число третьештатных, с перенесением на оный штата того Ферапонтова монастыря». Монахов Ферапонтова предлагалось «поместить на вакансии по другим во вверенных (митрополиту Гавриилу – В. С.) епархиях монастырям», а игумену Феофилакту, «в случае неимения по званию его вакансии, остаться до открытия оной, с получаемым ныне жалованием»[48]. 23 апреля этот указ был утвержден Павлом I[49]. Вакансия для игумена Феофилакта скоро открылась: прошение игумена третьеклассного Белевского Преображенского монастыря Иакова об увольнении за старостью и слабостью здоровья было удовлетворено, а Феофилакт занял его место[50]. Так, через 400 лет после своего основания, практически полностью отремонтированный (незаконченной осталась только церковь преп. Мартиниана), монастырь прекратил свое существование. Имущество, в котором не нуждалась организованная в обители приходская церковь, было распродано, а выручка поступила на хранение в казну Кирилло-Белозерского монастыря[51].
Упразднение монастыря имело как отрицательные, так и положительные стороны. Конечно, приходская церковь из-за ограниченности в средствах не могла обеспечить должного ухода за всеми церковными строениями, но именно поэтому остался неискаженным самый драгоценный памятник Ферапонтова монастыря – фрески Дионисия. Кроме того, ремонт 1794–1798 гг. создал своего рода «запас прочности», благодаря чему многие здания монастыря, в том числе и собор, простояли до начала ХХ в.