Принципы гуманизма и справедливости воплотились в системе наказаний, традиционно содержащей много видов наказаний, не связанных с лишением свободы. Максимальный срок лишения свободы понижался с 25 до 10 лет. Лишь за тяжкие преступления и особо опасным рецидивистам суд мог назначать лишение свободы до 15 лет. Смертная казнь определялась как исключительная и временная (вплоть до ее отмены) мера наказания. Она могла назначаться за особо опасные государственные преступления и за умышленное убийство при отягчающих обстоятельствах. Однако положение ст. 22 о том, что смертная казнь может быть предусмотрена законодательством Союза ССР в отдельных случаях и за некоторые другие особо тяжкие преступления, было явно неудачным. Оно давало легальную возможность расширения сферы применения исключительной меры наказания до обычной. И действительно, сразу же после принятия республиканских УК, с 1962 г. последовала серия уголовных законов об усилении ответственности, например за взяточничество, посягательство на жизнь работника милиции или народного дружинника, за особо крупное хищение государственного и общественного имущества, в которых предусматривалась смертная казнь.
Смертная казнь, ссылка, высылка не применялись к несовершеннолетним и беременным женщинам, совершившим преступления. Ссылка и высылка также не применялись к совершившим преступление женщинам, на иждивении которых находились дети в возрасте до восьми лет.
Из системы наказаний были исключены лишение прав в виде изгнания из пределов СССР, объявление врагом народа, поражение прав.
Основы уголовного законодательства 1958 г. значительно сократили применение такой тяжкой меры наказания, как конфискация имущества, которой в годы сталинского беззакония весьма злоупотребляли и законодатель, и суды, и местные органы власти и управления. «Конфискация имущества, – гласила ст. 30, – может быть назначена только за государственные и тяжкие корыстные преступления в случаях, указанных в законе». В духе справедливости и гуманности конструируются нормы о давности. Давностные сроки, по истечении которых совершившие преступления лица не привлекаются к ответственности, а обвинительный приговор не приводится в исполнение, значительно сокращались.