Иногда, из-за болезни или страсти, которые мешали ему выполнить своих функций, он поручал часть своих полномочий своей супруге. Например, в первые годы правления Султана Мухаммеда Худабенди перед его глазами брат пронес раскаленное железо, ослабив тем самым его зрение, и потому он был не в состоянии самостоятельно управлять страной. Из-за этого его супруга Фахрунниса Беким родом из Мазандарана сосредоточила часть полномочий шаха в своих руках. Она отстраняла от высоких должностей кызылбашей и назначала на эти должности мазандаранцев. Эмиры кызылбашей, в частности, Пир Мухаммед хан Устаджлы, Мухаммед хан Туркмен, Нургасан Султан Шамлы, объединившись, 26 июля 1579 года убили жену Султана Мухаммеда Худабенди Фахруннису Беким (мать Шаха Аббаса I – Д. И.) в присутствии мужа (30, с. 28).
Амиры кызылбашей привели к власти Аббаса Мирзу. Несмотря на приход к власти с помощью кызылбашей, Шах Аббас решил ограничить роль кызылбашей в государстве и с этой целью в 1588 году распустил диван (Военный Совет), большую часть членов которого составляли эмиры-кызылбаши. Шах взял на себя все полномочия, касающиеся дивана, и стал самостоятельно решать вопросы, которые решались диваном. Создалась своего рода абсолютная монархия. В 1589 году были убиты противники власти Шаха Аббаса, в том числе Муршудгулу хан, Мухаммед хан Туркмен. Словом, убиты были все амиры-кызылбаши, которые были причастны к насильственной смерти его матери (172, с. 34–35).
И. П. Петрушевский и А. А. Рахмани, исследуя данный вопрос, сделали вывод, что после прихода к власти Шаха Аббаса I позиции кызылбашей в государстве ослабли, усилились персидские этнические группировки. Вследствие военной реформы Шаха Аббаса роль азербайджанской знати – кызылбашей была ослаблена, ликвидирована монополия кызылбашей на ношение оружия. Кроме того, Шах Аббас I ликвидировал наследственный переход к кызылбашам должностей. Согласно распоряжению шаха эту должность могло занять любое лицо. Создание армии из различных племен нанесло удар по традиции создания в Азербайджанском Сефевидском Государстве армии по племенному принципу. Начиная с этого времени кызылбаши не могли уже быть этнически едиными. А. А. Рахмани объясняет этот процесс сокращением численности кызылбашей в армии Шаха Аббаса I, созданием армейских частей из кызылбашей, гуламов, стрелков и артиллеристов, снижением роли кызылбашей в военных частях. И, наконец, перенос столицы из Газвина в Исфахан в 1598 году, сокращение ряда налогов в центре государства (Ираке) и другие основания указывают на то, что в начале XVII века процесс превращения Азербайджанского государства кызылбашей в персидское сефевидское государство был завершен (172, с. 35–38).