По окончании школы № 52, в 1972 г., А. Ю. Пиджаков поступил на вечернее отделение исторического факультета Ленинградского государственного университета. Одновременно началась и трудовая деятельность А. Ю. Пиджакова. С августа 1972 г. по май 1973 г. он работал в должности архивариуса в проектно-конструкторском бюро «Союзлифтмаш». В мае 1973 г. был призван на действительную службу в ряды Советской Армии. И даже во время службы в армии он не расставался с историей: так случилось, что он служил в знаменитом городе Козельске, который прославился героической обороной от войск хана Батыя в 1238 г. Во время службы А. Ю. Пиджакову удалось побывать в находящейся недалеко от места службы Оптиной пустыне, а также в Калуге, в музее К. Э. Циолковского. После демобилизации в 1975 г. А. Ю. Пиджаков продолжил обучение в ЛГУ.
В период обучения в университете А. Ю. Пиджаков делал первые шаги в науке, работая в должности младшего научного сотрудника в Центральном государственном архиве Октябрьской революции и социалистического строительства г. Ленинграда. Полученные там навыки работы с архивными документами пригодились в его дальнейшей научно-исследовательской работе. В 1980 г. А. Ю. Пиджаков окончил университет, успешно защитив под руководством известного историка профессора Н. Я. Иванова дипломную работу, посвященную продовольственному положению в Петрограде осенью 1917 – зимой 1918 г.
По окончании университета, в январе 1981 г., А. Ю. Пиджаков поступает на работу в Академию гражданской авиации в качестве ассистента кафедры истории КПСС и партийно-политической работы в гражданской авиации. Привел его в Академию Ю. Н. Куликов, который и сегодня успешно преподает в СПбГУГА. Заведующий кафедрой А. К. Булкин, ныне декан гуманитарного факультета, профессор, доктор исторических наук, во многом способствовал научному росту А. Ю. Пиджакова, создавая условия, необходимые для становления его как педагога.
В 1985 г. А. Ю. Пиджаков был зачислен в целевую аспирантуру на исторический факультет ЛГУ. К этому времени он уже был увлечен проблемой истории гражданской авиации. Навыки работы в государственных архивах позволили ему исследовать архивные материалы по теме диссертации в архивах Ленинграда, Мурманска и Архангельска, причем многие архивные документы были им введены в научный оборот впервые. Досрочно, летом 1988 г., он защитил кандидатскую диссертацию, посвященную истории развития Гражданского Воздушного Флота Северо-Запада СССР в годы довоенных пятилеток. И в дальнейшем А. Ю. Пиджаков возвращался к истории авиационной науки и техники, а позднее – к истории юридической науки, опубликовал более 30 научных работ по данной проблематике. В результате он был избран действительным членом Санкт-Петербургской Академии истории науки и техники. Его совместная статья с профессором Гербертом Харрисом (Новая Зеландия), посвященная борьбе с терроризмом на воздушном транспорте, была опубликована в издании Британской Ассоциации авиационных консультантов «Newsletter» в 2001 г.