В итоге список государственных учреждений стал крайне ограниченным (министерства, другие органы государственного управления, школы и т. п.). Все другие учреждения преобразованы в казенные предприятия. Однако разброс этих учреждений настолько велик и правовой статус настолько различен, что трудно все их втиснуть в рамки казенного предприятия.
Ведь что такое казенное предприятие с точки зрения Гражданского кодекса или Указа о государственном предприятии? Хотя деятельность казенного предприятия финансируется за счет собственного дохода, однако – по смете, утверждаемой уполномоченным органом. В случае недостаточности у предприятия собственных доходов для покрытия его расходов недостающие средства выделяются из соответствующего бюджета. Государство по своему усмотрению может распорядиться имуществом казенного предприятия. Доходы, полученные казенным предприятием сверх сметы, подлежат перечислению в соответствующий бюджет (статья 42 Указа о государственном предприятии), т. е. финансирование все равно при необходимости должно осуществляться из бюджета, все лишние доходы должны забираться в бюджет.
Концепция казенного предприятия была задумана в расчете на небольшое количество предприятий, имеющих особое значение для государства и находящихся под жестким государственным контролем (почтовая связь, железная дорога, производство оружия и т. п.). Правовой статус казенного предприятия не подходит для широкого применения, не рассчитан на подавляющее большинство различных по своей правовой природе организаций, которые насильно перевели в статус казенных предприятий.
Грубейшей ошибкой является исключение из Гражданского кодекса части второй пункта 1 статьи 206, в которой закреплялось право самостоятельного распоряжения учреждением доходами, полученными от приносящей доходы деятельности. Эта норма касалась не только государственных, но также обычных учреждений, правовой статус которых теперь стал совершенно непонятен.
В силу того, что из-за недостаточности государственного финансирования многие государственные учреждения не могли существовать без оказания платных услуг, Правительство в нарушение закона стало в массовом порядке давать отдельным категориям учреждений право платные услуги оказывать.
Непродуманность Закона от 16 декабря 1998 г. создала проблемы и для Национального банка в силу того, что он тоже является государственным учреждением, однако не может жить только за счет финансирования из государственного бюджета. Поэтому Национальному банку пришлось в очередной раз добиваться внесения изменений в Гражданский кодекс. Сначала статья 192 ГК была дополнена пунктом 5 следующего содержания: «Особенности правового режима государственного имущества, находящегося в ведении отдельных государственных учреждений, определяются законодательными актами» (Закон РК от 2 марта 2001 г.). Затем было внесено изменение в пункт 2 статьи 105 ГК. К положению о том, что государственные учреждения содержатся только за счет государственного бюджета, добавлено: «…если дополнительные источники финансирования не установлены законодательными актами» (Закон РК от 21 мая 2002 г.).