Вопросам формирования системы финансового права А. И. Худяков обращался и в последний год своей жизни. Он отмечал, «что при формировании представлений о системе финансового права используется сразу несколько различных критериев», свидетельствующих «об игнорировании не только законов систематики, но и отсутствии элементарной логики».[8]
Анализируя научное наследие профессора А. И. Худякова, необходимо обратить внимание на тот факт, что у него имелись собственные, весьма отличные от традиционных, переписываемых из учебника в учебник, взгляды на особенности финансово-правовых норм и отношений. Главным образом, его взгляды по этим вопросам были отражены в авторских учебниках финансового и налогового права Казахстана. В частности, наряду с традиционными характеристиками финансово-правовых норм проф. А. И. Худяков отмечал, что они специфичны, потому что: а) «принимающий их субъект – государство в то же время является субъектом финансового правоотношения (выступает в целом или в лице своего органа). В результате получается, что, издавая финансово-правовые нормы, государство регулирует поведение не только своего контрагента, но и свое собственное, наделяя самого себя как правами, так и обязанностями»; б) «через них государство реализует свой собственный материальный интерес».[9]
Профессор А. И. Худяков внес заметный вклад в разработку теории налогового права. Во-первых, им написан и издан двухтомник налогового права Республики Казахстан, состоящий из Общей и Особенной частей налогового права.[10] Поражает широта охвата вопросов и тщательность их изложения в Общей части налогового права. В частности, автор уделяет внимание столь нетрадиционным проблемам налогового права, как «налогообложение и право собственности», «система налогового права», «диспозитивный метод налогово-правового регулирования», «налогово-правовой договор» и др. Кроме того, проф. А. И. Худяков уделял весьма серьезное внимание проблемам налогового правонарушения и налоговой ответственности. Во всех авторских учебниках по общей части финансового права Республики Казахстан Алексей Иванович выделял отдельную главу «финансовое правонарушение», где доказывал, что финансово-правовая ответственность принципиально отличается от административно-правовой ответственности. Выделяя такую главу. Алексей Иванович стремился подчеркнуть, что налоговое правонарушение и налоговая ответственность являются разновидностью отраслевого правонарушения и ответственности. В числе признаков финансово-правовой ответственности он выделял следующие: а) она установлена непосредственно финансовым законодательством, т. е. меры этой ответственности выступают в качестве элемента финансово-правовых норм, б) данная ответственность выступает мерой наказания лица за неисполнение или ненадлежащее исполнение им своих обязанностей в качестве субъекта (участника) финансового правоотношения. Причем к ответственности привлекается именно субъект финансового правоотношения, а не должностное лицо юридического лица или иной его работник, в) привлечение лица к финансово-правовой ответственности осуществляется во внесудебном порядке соответствующим финансовым органом государства. При этом Алексей Иванович придерживался общеправовой концепции налоговой ответственности и таким образом утверждал, что пеня в налоговом праве «при всех обстоятельствах является санкцией, т. е. выполняет роль той юридической ответственности, к которой привлекается правонарушитель».