В 50-е годы особое внимание в своих исследованиях М. Д. Шаргородский уделяет проблемам наказания. Последние к тому времени крупные работы по теории уголовного наказания были написаны еще в первой половине 20-х годов учеными старой школы С. В. Познышевым и А. А. Жижиленко. М. Д. Шаргородский готовит к изданию и публикует две монографии: «Наказание по уголовному праву эксплуататорского общества» (1957 г.) и «Наказание по советскому уголовному праву» (1958 г.). Как и в предыдущих работах, в основу этих книг был положен огромный исторический и законодательный материал, осмысление опыта предыдущих исследований. Рассуждая о содержании наказания и его целях, автор пришел к выводу, что в современном праве кара, страдания являются неизбежными свойствами, содержанием наказания, но не его целями, каковыми должно признаваться лишь предупреждение совершения преступлений как самим преступником, так и другими лицами. «Свойство оказывать предупредительное воздействие на преступника и окружающих есть объективное свойство самого наказания, – писал автор, – оно было имманентно наказанию даже тогда, когда законодатель еще не отдавал себе отчета в этом его свойстве. С этой точки зрения спор классического и социологического направлений в буржуазном уголовном праве не имел большого практического значения, ибо и наказание у классиков, и меры социальной защиты у социологов объективно способны привести к разрешению и общих, и специальных превентивных целей. Однако тогда, когда эти свойства наказания осознаны и становятся целью его применения, на первое место может выдвигаться и выдвигается одно из этих свойств в качестве основной цели, а это уже влияет на систему и характер наказаний» (Наказание по советскому уголовному праву. М., 1958. С. 16).
Исследование уголовного наказания, проведенное М. Д. Шаргородским, как бы дало мощный толчок, и вслед за ним многие ученые – Н. А. Беляев, И. И. Карпец, И. М. Гальперин, А. Л. Ременсон, И. С. Ной, Н. А. Стручков и др. – стали основательно изучать широкий спектр проблем, связанных с наказанием. Сам же ученый также не утратил интереса к этой проблематике. Незадолго до смерти в 1973 г. была издана последняя его книга «Наказание, его цели и эффективность», где особое внимание уделялось понятию и критериям эффективности наказания и условиям, обеспечивающим ее достижение.