Внутри отдельной отрасли науки выделяются обычно системы теоретических знаний (положений, концепций), имеющих в своей основе определенные отношения. Являясь относительно обособленными внутри отрасли, они образуют подсистемы, институты. Такие институты хотя и имеют собственное, зачастую достаточно глубокое и сложное содержание, свою теорию, но в качестве отправных положений для них выступают теоретические концепции, принципы и методы той отрасли науки, составной частью которой является тот или иной институт.
Институт доказывания в уголовно-процессуальной науке занимает ведущую роль. Уголовный процесс есть своей большей частью не что иное, как уголовно-процессуальное доказывание. Без него невозможно установить по уголовному делу объективную истину, выполнить стоящие перед уголовным процессом задачи. Ни одно научное исследование в области уголовного процесса не может обойтись без соприкосновения с теми или иными проблемами уголовно-процессуального доказывания.
Исследователи проблем уголовно-процессуального доказывания, наряду со всеобщим диалектическим методом, широко используют методы и меньшей степени общности:
а) логической обработки материала (анализ, синтез, индукция и дедукция, аналогия, гипотеза, обобщение, аксиома, формализация, моделирование, абстрагирование, восхождение от абстрактного к конкретному); б) исторический (генетический), применяемый для познания закономерностей в развитии изучаемого явления; в) сравнительный, предназначенный для выявления и распространения всего положительного, что имеется в тех или иных системах; г) кибернетический, основанный на изучении прежде всего поведения объекта в сложной динамической системе управления; д) системно-структурный, предназначенный для исследования функционирования сложноорганизованных систем, каковыми и являются, в частности, право и правовые институты, изыскания факторов, способных наиболее благоприятно воздействовать на их существование; е) математический, оперирующий таким абстрактным языком, на основе которого связь между явлениями, событиями, состояниями и их качественная определенность описываются с помощью категорий меры, соотношения, количества (в силу того, что математика выделяет количественные и пространственные формы, присущие всем без исключения предметам и явлениям, исследует их как нечто относительно самостоятельное, она и приобретает возможность своего применения во всех науках, включая и правоведение); ж) статистический, позволяющий за повторяемостью фактов видеть определенные закономерности; з) моделирование, когда возможность получения нового знания реализуется на мысленном или материализованном уровне воспроизведения исследуемого объекта.