Низкий уровень воинской дисциплины и несоблюдение прав и свобод военнослужащих объясняются существующими проблемами их законодательного обеспечения. Нормы, регулирующие юридическую ответственность военнослужащих, несбалансированны и содержат внутренние противоречия. Вопросы уголовной ответственности военнослужащих за совершение ими преступлений в военное время или в боевой обстановке до сих пор не нашли своего законодательного разрешения. Это существенно сказалось на состоянии дисциплины в частях и подразделениях, принимавших участие в боевых действиях в Чечне и других регионах. Нет законодательного закрепления дисциплинарного ареста военнослужащих, в силу чего криминальная ситуация в войсках продолжает усугубляться.
Анализ деятельности военных судов показывает, что в условиях ненадлежащего законодательного обеспечения снижается эффективность их работы. К тому же при широкомасштабном реформировании военной организации страны имеющие место предложения о ликвидации военных судов могут, в случае их реализации, значительно усугубить и без того неблагоприятную криминальную ситуацию в Вооруженных Силах и других воинских формированиях страны, что негативно скажется на ее национальной безопасности.
В сложившихся условиях надлежащее внимание должно быть уделено криминологическим аспектам деятельности военных судов. Успешная работа с преступностью в армии, укрепление воинской дисциплины, повышение боеспособности и боеготовности войск невозможны без глубокого выявления причин и условий, способствовавших совершению преступлений. В соответствии с Концепцией национальной безопасности Российской Федерации это – важнейшая задача в борьбе с преступностью. Ее эффективность зависит от степени взаимодействия в этом военных судов и военного командования.
В то же время анализ состояния этой работы и ее законодательного обеспечения выявил пробелы в действующем законодательстве, а также отсутствие единых подходов к их разрешению.
Укрепление воинской дисциплины, законности, правопорядка и боеготовности Вооруженных Сил и других воинских формирований Российской Федерации невозможно без надлежащего правового воспитания военнослужащих и участия в этом военных судов. Однако вследствие односторонней трактовки правозащитной роли суда разрешение этих вопросов в последние годы было сведено к тому, что единственной функцией суда называется осуществление правосудия. Таким образом сформулированы и законодательные нормы, регулирующие деятельность военных судов.