3) документально подтвержден факт уплаты НДС организацией-экспортером своему поставщику.
Для обоснования правомерности отказа в возмещении экспортного НДС налоговые органы должны представить убедительные доказательства того, что: товар фактически не пересекал таможенную границу Российской Федерации либо количественные и качественные характеристики экспортированного товара не соответствуют указанным в таможенных и транспортных документах, представленных экспортером; сделка с поставщиком носила мнимый характер; налогоплательщик заведомо знал о том, что налог на добавленную стоимость поставщиком (комиссионером, поверенным) не будет уплачен; поступившие на счет организации-экспортера денежные средства не являются экспортной выручкой, а имеют внутренний источник происхождения.
При этом бремя доказывания недобросовестности налогоплательщика в соответствии с НК РФ полностью ложится на налоговые органы. Принцип презумпции невиновности налогоплательщика позволяет сделать вывод, что экспортеры могут подтверждать право на льготу не только перечисленными в НК РФ, но и иными документами. Для подтверждения экспорта организациями в качестве доказательств нередко используются ответы таможенных и иных государственных органов России и других стран, отчеты комиссионеров, подтверждения (уведомления) покупателей о получении груза за границей, товарно-транспортные накладные на груз, оформленные на территории других стран, и т. д. При возникновении сомнений налоговый орган должен доказать в суде, что данные документы получены с нарушением федерального закона, недопустимы или не относятся к делу.
Как правило, в течение времени, отведенного Налоговым кодексом РФ на проверку обоснованности требования о возмещении НДС, такие доказательства собрать не удается.
Необходимо учитывать также, что большинство судей арбитражного суда с недоверием относятся к актам таможенных, налоговых проверок, объяснениям, которые получают сотрудники налоговых и таможенных органов в процессе таких проверок от граждан, экспертным заключениям таможенных и налоговых органов. Тому есть объективные причины. Нередко такие акты, заключения и объяснения носят тенденциозный характер, используются в качестве инструмента давления на налогоплательщиков, не учитывают реалии современной экономики и ее правового регулирования. Налогоплательщики, как физические, так и юридические лица, являясь основным источником формирования доходной части государственного бюджета, подвергаются проверкам со стороны многочисленных контролирующих государственных органов. Далеко не всегда такие проверки носят объективный характер. Поэтому налогоплательщики вынуждены отстаивать свои права в арбитражном суде.