Интеграционный Комитет – постоянно действующий орган ЕврАзЭС. В его состав входят заместители глав правительств государств Сообщества. На Интеграционный Комитет возлагается задача обеспечения взаимодействия органов ЕврАзЭС, подготовка предложений по повестке дня заседаний Межгоссовета и уровню их проведения, а также проектов решений и документов. Интеграционный комитет делает предложения по формированию бюджета ЕврАзЭС и контролирует его исполнение. Под контролем комитета находится реализация решений, принятых Межгоссоветом. Организация работы и информационно-техническое обеспечение Межгосударственного Совета и Интеграционного Комитета возлагается на Секретариат последнего
Межпарламентская Ассамблея — орган парламентского сотрудничества в рамках ЕврАзЭС, который рассматривает вопросы гармонизации национального законодательства государств Сообщества и приведения его в соответствие с договорами, заключенными в рамках ЕврАзЭС в целях реализации задач Сообщества.
Суд Сообщества обеспечивает единообразное применение договоров действующих в рамках ЕврАзЭС, a также принимаемых органами Сообщества решений. Суд Сообщества рассматривает также споры экономического характера, возникающие между его членами по вопросам реализации решений органов ЕврАзЭС и положений договоров, действующих в рамках Сообщества, дает по ним разъяснения и заключения.
Комиссия постоянных представителей стран ЕврАзЭС при Сообществе призвана обеспечивать текущую работу в период между заседаниями Интеграционного Комитета. До создания этой комиссии ее функции выполняет межправительственная рабочая группа на уровне заместителей министров.
Высшим административным должностным лицом ЕврАзЭС является Генеральный секретарь.
В Сообществе применяется эффективная формула интеграционного взаимодействия: каждое государство участвует в работе всех органов управления; решения подписываются всеми государствами, а их исполнение обеспечивается путем принятия необходимых национальных правовых актов в соответствии с национальным законодательством; договоры вступают в силу после выполнения внутригосударственных процедур всеми участниками. Это позволяет добиваться единства подходов, полной реализации международных актов странами Сообщества.
В ЕврАзЭС предусмотрен механизм реализации провозглашенных целей. Эта международная организация формируется исключительно как альянс, основанный на сближении и интеграции экономик государств-участников. Конечными целями ЕврАзЭС являются обеспечение непрерывного сбалансированного роста экономик пяти государств, стабильность развития и повышение уровня жизни населения.