Основная часть расходов региональных и местных бюджетов, включая заработную плату в бюджетной сфере, а также финансирование сети бюджетных учреждений регламентируется централизованно установленными нормами. Более 80 % налоговых доходов этих бюджетов формируется за счет отчислений от федеральных налогов. Зависимость региональных и местных бюджетов от ежегодно устанавливаемых пропорций (нормативов) расщепления федеральных налогов подрывает стимулы проведения структурных реформ, привлечения инвестиций, развития налогового потенциала территорий и повышения собираемости налогов.
Несмотря на тенденцию формализации распределения финансовой помощи, значительная ее часть по-прежнему распределяется без четких критериев и процедур, что требует дальнейшего развития и законодательного закрепления методологии бюджетного выравнивания.
Постановлением Правительства Российской Федерации от 15 августа 2001 г. утверждена Программа развития бюджетного федерализма в Российской Федерации на период до 2005 г. Программа направлена на достижение целей, которые были поставлены Президентом Российской Федерации в посланиях Федеральному Собранию и бюджетных посланиях, определяющих перспективы развития системы межбюджетных отношений. Она обеспечивает реализацию соответствующих разделов стратегии развития Российской Федерации на период до 2010 г., программы социально-экономического развития Российской Федерации на среднесрочную перспективу, а также учитывает результаты исполнения Концепции реформирования межбюджетных отношений в Российской Федерации в 1999–2001 гг.
Установленные федеральным законодательством крайне ограниченные налогово-бюджетные полномочия органов власти субъектов Российской Федерации и органов местного самоуправления позволяют перекладывать политическую и финансовую ответственность за сбалансирование территориальных бюджетов и состояние социальной сферы на федеральный центр.
Противоречия между децентрализацией бюджетных ресурсов, формальной централизацией налогово-бюджетных полномочий усугубляются неустойчивостью макроэкономических условий, слабостью демократических институтов, неразвитостью рынков капиталов и низкой мобильностью факторов производства, завышенными социальными ожиданиями и требованиями к государству, резкими различиями в бюджетной обеспеченности субъектов Российской Федерации и муниципальных образований. Региональные и местные бюджеты остаются недостаточно прозрачными, отсутствует целостная система мониторинга состояния и качества управления государственными и муниципальными финансами (общественными финансами), результаты которой были бы доступны не только органам власти разных уровней, но и населению, инвесторам и кредиторам.