Однако в силу весьма важных и требующих большого внимания задач Сенат не мог выполнять в должной мере контрольные функции. Централизация государственного аппарата и управления в целом при развивающемся абсолютизме требовала создания специального контрольного органа, особенно по финансовым и налоговым вопросам.
Поэтому, при оставлении за Сенатом руководящей роли по отношению ко всем учреждениям в стране и соответственно высших контрольных функций, в стране были созданы две контролирующие системы: Прокуратура во главе с генерал-прокурором Сената и система фискалитета во главе с обер-фискалом Сената и фискалов центральных учреждений и его представителей на местах (губернские и городовые фискалы). На фискалов было возложено осуществление контроля за деятельностью администрации в целом, выявление фактов казнокрадства, несоблюдения и нарушения указов государя, фактов взяточничества и т. п. Обо всех выявленных фактах нарушения они обязаны были докладывать Сенату и царю. Петр I поощрял деятельность фискалов, освободил их от податей, вывел из местной подсудности и даже освободил от ответственности за ложные доносы.
В 1715 г. Петр I ввел в Сенате должность генерал-ревизора для контроля за прохождением дел в Сенате, а в январе 1722 г. назначил генерал-прокурора и обер-прокурора для контроля за Сенатом[34].
Уделяя внимание формированию и развитию контроля, Петр I считал необходимым использовать с учетом российских условий опыт европейских стран. В связи с этим он дал поручение российским представителям в разных странах изучить зарубежный опыт управления и контроля. В 1720 г., вместо имевшихся приказов для управления делами были образованы 11 коллегий со строгим разделением функций и полномочий, в том числе и контрольных. В частности, были образованы Иностранная коллегия, Военная, Адмиралтейская, Юстиц-коллегия, Ревизион-коллегия, Коммерц-коллегия, Штатс-контор-коллегия, Берг-мануфактур-коллегия. Руководителями коллегий были назначены наиболее авторитетные и приближенные к царю лицам. Главой коллегии являлся президент, при котором состоял вице-президент, несколько советников и асессоров. В штат коллегии также входили секретари, нотариус, актуариус, копиисты, регистраторы, канцеляристы. При коллегии находился фискал, а позже прокурор. Коллегии подчинялись местные учреждения, а сама коллегия подчинялась Сенату. Впоследствии была учреждена Вотчинная коллегия.