В 1792 г. были даны две жалованные грамоты запорожским казакам, по которым организовывалось переселение казаков (первоначально 25 тыс. чел.) в устье Кубани, где в 1794 г. был основан Екатеринодар. В нем находилось главное войсковое начальство. Было основано 40 отдельных куренных селений и хутора. Для защиты от нападений черкесов возводились кордоны, или посты, и пикеты. В 1808, 1820 и 1848 гг. по распоряжениям правительства в Черноморье переселяются более 100 тыс. крестьян из малороссийских губерний, а также вышедшие из Турции запорожцы. В 1850 г. здесь было уже 3 города, 61 станица и 2 поселка, 2548 хуторов.
Основные начала организации казачества были изложены в грамотах от 30 июня и 1 июля 1792 г. Войско обязывалось нести пограничную службу, признавалось коллективным юридическим лицом, земля находилась в его общей собственности. Войско получало определенное жалованье и имело свободную внутреннюю торговлю и право продажи вина на войсковых землях. Оно сохранило знамя и литавры, другие регалии Запорожской Сечи. В административном отношении оно подчинялось таврическому губернатору, но имело свое войсковое правительство (атаман, судья и писарь). Точной и определенной регламентации устройства и самоуправления войска в грамотах не было, и это привело к возрождению традиционной казачьей практики.
В 1794 г. были выработаны писаные правила “Порядок общественной пользы”, утвердившие систему казачьего самоуправления в рамках 40 куреней с ежегодным избранием атамана 29 июня, делением войсковой территории на 5 округов с окружным правлением. В 1801 г. вместо войскового правительства была учреждена канцелярия, в которую входили атаман, два члена и один назначенный от правительства, а также правительственный прокурор. Войско было поделено на 20 полков. В 1802 г. восстановлено войсковое правительство, по аналогии с донским. По воинским делам Черномория подчинялась инспектору крымской инспекции, по гражданским – таврическому губернскому начальству. С 1855 г. назначение войсковых атаманов производилось исключительно из лиц неказачьего происхождения.
Положением 1842 г. управление Черноморским казачьим войском делилось на военное (войсковое и окружные дежурства) и гражданское (войсковые, окружные и станичные органы управления). К войсковым учреждениям относились правление, врачебная управа, прокуратура, торговый словесный суд и полиция г. Екатеринодара. Войсковое правление состояло из четырех экспедиций, окружное гражданское управление – из суда, сыскного начальства, словесного мирового суда и прокуратуры в лице стряпчего. Два заседателя, избираемые в окружной суд станичными сходами, участвовали только в решении вопросов, касающихся станиц и казаков. Некоторые статьи положения 1842 г. были приравнены к статьям Положения 1835 г. о Донском войске. К данному времени сложилась сословная структура Черноморского войска: старшина, превратившаяся в дворянское сословие, казачье духовенство и рядовые казаки. Дворянство, помимо обычного казачьего права на 30 десятин земли, имело пожизненные 1500 десятин на генерала, 400 – на штабс-офицера и 200 – на обер-офицера. В сходах участвовали представители всех сословий, духовенство в станичном самоуправлении играло почетную роль.