Кроме того, судебная экспертиза может быть проведена экспертными подразделениями, созданными федеральными органами исполнительной власти или органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации. Так, например, в системе органов внутренних дел приказом № 349 от 21.07.1993 г. МВД РФ предусмотрено создание медико-криминалистических групп в качестве структурных подразделений экспертно-криминалистических управлений (отделов) МВД, ГУВД, УВД, УВДТ. В обязанности этих групп входит, в частности, производство медико-криминалистических экспертиз и исследований, связанных с вопросами идентификации личности неопознанных трупов. Если производство судебной экспертизы поручается указанным экспертным подразделениям, они осуществляют функции государственного судебно-экспертного учреждения, а их сотрудники исполняют обязанности, имеют права и несут ответственность как государственные эксперты.
Деятельность государственных судебно-экспертных учреждений по организации и производству судебной экспертизы регулируется Федеральным законом «О государственной судебно-экспертной деятельности в Российской Федерации», процессуальным законодательством Российской Федерации и осуществляется в соответствии с нормативными правовыми актами соответствующих федеральных органов исполнительной власти.
Профиль государственного судебно-экспертного учреждения (судебно-медицинский, судебно-психиатрический или иной) определяется соответствующими федеральными органами исполнительной власти. Государственные судебно-экспертные учреждения одного профиля осуществляют деятельность по организации и производству судебной экспертизы на основе единого научно-методического подхода к экспертной практике, профессиональной подготовке и специализации экспертов. Это требование закона обеспечивается ведомственными нормативными документами в рамках единой организационной структуры государственной судебно-медицинской службы, стандартизацией экспертных методик и типовых диагностических алгоритмов, унифицированными требованиями к специализации и переподготовке экспертов.
Деятельность государственных судебно-экспертных учреждений финансируется за счет средств федерального бюджета (ст. 37 ЗГСЭД). Государственные судебно-экспертные учреждения в обязательном порядке производят судебную экспертизу для органов дознания, органов предварительного следствия и судов, расположенных на территории, которая определяется соответствующими федеральными органами исполнительной власти. В случае невозможности производства судебной экспертизы в государственном судебно-экспертном учреждении, обслуживающем указанную территорию, в связи с отсутствием эксперта конкретной специальности, необходимой материально-технической базы либо специальных условий для проведения исследований судебная экспертиза для органов дознания, органов предварительного следствия и судов может быть произведена государственными судебно-экспертными учреждениями, обслуживающими другие территории