Все остальные дела относятся к категории дел публичного обвинения и, следовательно, уголовное преследование по ним осуществляют только государственные органы, отнесенные законом к стороне обвинения, которые вправе с согласия прокурора возбуждать уголовное дело и таким образом начинать и осуществлять предварительное расследование для выяснения необходимых обстоятельств, в том числе установления виновного, доказывания его вины и решения вопроса о привлечении к уголовной ответственности. Более того, при наличии достаточных доказательств следователь имеет право выносить постановление о привлечении в качестве обвиняемого (ст. 171 УПК РФ), то есть привлекать лицо к уголовной ответственности. Это, несомненно, элемент уголовного преследования.
Однако, уголовное дело может быть возбуждено только с согласия прокурора и, следовательно, именно он решает вопрос о начале уголовного преследования. Прокурор вправе не согласиться с постановлением следователя и отменить его. Наиболее важные решения следователя, в частности об избрании мер пресечения (ареста, залога), о проведении ряда следственных действий (обыска, наложения ареста на корреспонденцию, прослушивания телефонных переговоров и др.) проводятся по разрешению суда, но с согласия прокурора.
Завершая дело, направляя его через прокурора на рассмотрение суда, следователь составляет обвинительное заключение, а дознаватель обвинительный акт, которые требуют утверждения прокурора, то есть решение принимает прокурор, так же как и при прекращении дела по реабилитирующим основаниям требуется согласие прокурора, то есть его решение. При направлении дела в суд после утверждения обвинительного заключения и обвинительного акта именно прокурор участвует в предварительном слушании, а при назначении дела к слушанию – в судебном разбирательстве в качестве государственного обвинителя, и на нем лежит бремя доказывания.
Сказанное позволяет сделать вывод, что хотя следователь и дознаватель отнесены законом к стороне обвинения, они привлекают в процессе предварительного расследования к уголовной ответственности, однако уголовное преследование в уголовном судопроизводстве осуществляет именно прокурор. Это отражено и в Федеральном законе «О прокуратуре Российской Федерации» (ст. 1), где осуществление уголовного преследования отнесено к функциям прокурорских органов.