В 1920–1921 гг. Субири изучал философию в Высшем Институте философии Католического университета Лувена. В ноябре 1920 г. он ненадолго переезжает в Рим, где защищает докторскую диссертацию по богословию. В Лувене Субири познакомился с Л. Ноэлем и другими профессорами, заинтересованными в раскрытии всех потенциальных возможностей мысли Эдмунда Гуссерля. Философия Гуссерля, под воздействием которой в ту пору совершалось преобразование философской панорамы в Европе, стала предметом дипломной работы, представленной Субири в феврале 1921 в Лувене и озаглавленной: «Проблема объективности в Логических исследованиях Э. Гуссерля, I: Чистая логика». 21 мая того же года Субири защитил в Центральном Мадридском университете докторскую диссертацию по философии, которая была написана под руководством Ортеги и называлась: «Очерк феноменологической теории суждения». Эта диссертация, опубликованная, с некоторыми изменениями, в 1923 г., стала первой посвященной Гуссерлю работой не на немецком языке. В ней Субири занимает в рамках феноменологического движения свою личную позицию, которую можно было бы назвать «объективистской». В том же 1921 г. Субири был рукоположен в сан священника в г. Памплона.
В 1926 г. Субири выиграл конкурс на замещение вакантной должности и становится преподавателем кафедры истории философии при философско-филологическом факультете Центрального Мадридского университета. В те годы вместе с ним работала группа замечательных мыслителей, распавшаяся после гражданской войны. К ней принадлежали Ортега-и-Гассет, Адольфо Бонилья Сан-Мартин, Мануэль Б. Коссио, Хулиан Бестейро, Мануэль Гарсиа Моренте… В 1929 г. Субири отправляется во Фрайбург для продолжения образования. Там он слушает лекции Гуссерля и Мартина Хайдеггера. Недавняя публикация «Бытия и времени» представила Хайдеггера как философа, который продолжил и радикализировал гуссерлевскую феноменологию. Сознание, как его мыслил Гуссерль, отныне лишилось своей роли фундаментального основания, ибо конститутивная взаимосвязь человека и мира, как показал Хайдеггер, дана уже в самой «эк-зистенции». Экзистируя, оказываясь лицом к лицу с ничто и смертью, человек понимает, что вещи есть, но могли бы и не быть; и таким образом перед ним раскрывается бытие вещей. Это раскрытие, несомненно, обнажает бытие вещей (но не само бытие), однако оно возможно только в человеке как экзистирующем сущем, которое поэтому представляет собою «здесь-бытие»,