Во всех делах Филипп вел себя как абсолютный монарх, воплощающий в себе имперскую идею. От отца, императора Карла, ему досталось напутствие не выделять фаворитов, быть осторожным и со знатью, и с кардиналами, и с духовниками, и с женщинами, слушать советы, но поступать по-своему. Впрочем, если в первые годы правления король и имел близких советников, то позднее их заменили секретари, лишь представлявшие доклады королю, но не имевшие права давать ему советы. Самостоятельное изучение дел и личное решение, принимаемое Филиппом по каждому текущему вопросу, порождало особый бюрократический стиль управления, при котором все ожидали высочайше утвержденных регламентов, указов, инструкций и резолюций.
Пик наивысшего государственного могущества и международного влияния Испании в начале царствования Филиппа II, равно как и причины того, что уже к концу XVI в. страна окажется в состоянии стагнации, за которым последует затяжной экономический и политический кризис, подробно описаны и проанализированы в историко-культурологических исследованиях. Оправиться от последствий этого кризиса королевство так и не сможет, перейдя в разряд второстепенных, периферийных стран. Для нас важно то, что, вопреки нарастанию кризисных явлений в хозяйственной, политической, социальной областях, эти десятилетия ознаменовались развитием католической мысли, прежде всего в жанре университетской философии. Следует подчеркнуть, что Филипп II постоянно держал в поле своего внимания развитие образования. Он открывал коллегии и университеты в Испании, выделял значительные суммы на обучение студентов-католиков в различных странах Европы. При этом особое внимание король обращал на иезуитские школы и университеты, поскольку видел в членах Общества Иисуса своих единомышленников, стремившихся к возрождению католической учености, а значит, интеллектуальной мощи Римской церкви.
По окончании Тридентского собора именно Орден иезуитов стал быстро укреплять свои позиции и вскоре превратился в самую значительную в интеллектуальном отношении и организованную силу католицизма, которая наилучшим образом выражала интересы церкви и – если говорить об Испании – соответствовала устремлениям короля.
Общество Иисуса, основанное доном Игнасио Лойолой в августе 1534 г., получило каноническое утверждение в сентябре 1540 г., когда папа Павел III подписал первую «Институцию» – краткий устав ордена