За Петра, в частности, ратовал его предполагаемый отец, боярин Артамон Матвеев. Но в этой схватке победил клан Милославских, чем и объясняется та поспешность, с которой возвели на трон Федора. Зловредного Артамона Матвеева за его гнусные происки Милославские лишили всех чинов и званий и сослали в далекий северный город Пустозерск. К тому же ему приписали колдовство, что было тогда серьезнейшим преступлением. Он, якобы будучи главой Аптекарского приказа, не допивал за царем лекарства (так тогда проверяли содержимое напитков на яд) и вызывал духов, которых было полным-полно в избе. Их вроде бы видел лежавший за печкой карла (карлик) Захар. Также ему вменялось в вину, что переводчик грек Спафарий читал отцу и сыну Матвеевым «черную книгу» и учил обоих колдовать на ней. В довершение Матвеева обвинили в казнокрадстве – а кто тогда не крал? И поделом ему. Он еще старому царю, Алексею Михайловичу, вредил, расстроив его женитьбу на Авдотье Беляевой. Главных недоброжелателей Милославских – Ивана и Афанасия Нарышкиных – за «попытку покушения» на Федора Алексеевича приговорили к смертной казни, но царь заменил ее недалекой ссылкой.
Итак, Федор Алексеевич стал царем. На похоронах отца его несли сидящего на носилках – так сильно болели ноги. Болезнь у Федора была та же, что и у отца, – цинга. Через неделю после отставки Матвеева с должности главы Аптекарского приказа новый начальник собрал консилиум из шести самых знающих врачей страны на предмет освидетельствования нового царя. Обследование Федора показало, что «ево государская болезнь не от внешнего случая и ни от какой порчи, но от его царского величества природы…, та де цинга была отца его государева … в персоне». То есть доктора признали, что болезнь была наследственной. Врачи заявили, что хроническая цинга дает сезонные обострения, которые лечатся с помощью внешних укрепляющих средств: «сухой ванны», мазей на царские «ношки» и прочего. Полное излечение «возможно исподволь, а не скорым времянем». Организму царя просто не хватало каких-то витаминов.
«Государская» болезнь усугублялась еще и тем, что Федор, когда ему шел тринадцатый год, будучи страстным лошадником, попал под сани. Как-то он с тетками и сестрами захотел прогуляться за город. Им подвели ретивую лошадь. Тетки с сестрами сели в сани, а Федор взобрался на лошадь – он захотел сам быть кучером. Однако сани были так перегружены, что лошадь не могла их сдвинуть с места и встала на дыбы, при этом сбросив седока. Царевич попал под сани, лошадь рванула вперед, и «тут сани всею своею тяжестью проехали по спине лежащего на земле Федора и измяли ему грудь, отчего он и теперь (1676 г.) чувствует беспрерывную боль в груди и спине».