В 1121 году святой царь Давид Строитель, уделявший большое внимание церковному устройству и получивший поддержку от Церкви, с войском одержал победу над турками-сельджуками в Дидгорской битве. Этой победой завершается объединение страны и полагается начало «золотому веку» грузинской истории.
В это время активная деятельность Грузинской Церкви разворачивается за пределами государства, на Святой Земле, в Малой Азии и Александрии.
В XIII и XIV веках для христиан Грузии начинается новый период испытаний, теперь под натиском монгол. Хан Джелал ад-Дин, завоевав Тбилиси, буквально залил его кровью, были осквернены и разрушены монастыри и храмы, мученическую кончину приняли тысячи христиан. После набегов Тамерлана исчезали уже целые города и епархии; по свидетельствам историков, убитых грузин было значительно больше, чем оставшихся в живых. При всем этом Церковь не была парализована – в XV веке на Ферраро-Флорентийском Соборе присутствовали митрополиты Григорий и Иоанн, они не только отказались подписать унию с католичеством, но и открыто выступили с обличением его отклонения от соборного учения Церкви.
В 80-е годы XV века объединенная Грузия распалась на три царства – Картли, Кахети и Имерети. В состоянии раздробленности под постоянными ударами Персии, Османской Империи и набегами дагестанских племен Церковь продолжала нести свое служение, хотя делать это становилось все сложнее.
Завоеванная в XVI веке Османской империей юго-западная часть Грузии насильно исламизировалась, исповедание христианства жестоко преследовалось, все епархии упразднялись, а храмы перестраивались в мечети.
Опустошительным для Грузии стало и XVII столетие, «век царских мучеников и множества убиенных». Карательные походы персидского шаха Аббаса I были направлены на полное уничтожение Картли и Кахети. В это время было убито две трети грузинского населения.
Количество епархий сократилось еще сильнее. Но Грузия продолжала находить в себе силы для сопротивления, а Церковь в лице Католикоса и лучших епископов призывала царей и народ к единству. В 1625 году полководец Георгий Саакадзе разбил тридцатитысячную армию персов. Именно в этот период понятие «грузин» становится равным понятию «православный», а перешедших в ислам грузинами больше не называли, их звали «татари».