К счастью, Максима Грека не утопили, а отправили в пожизненное заключение в Иосифо-Волоколамский монастырь. Из Москвы его вывезли тайно, поэтому по городу и ходили недоуменные домыслы об исчезновении ученого афонца.
По решению собора Максим Грек был также отлучен от Причастия.
Митрополит Даниил велел содержать узника с предельной строгостью: «И заключену ему быти в некоей келии молчательне, да не беседует ни с кем же, ни с церковными, ни с простыми, ни монастыря того, ниже иного монастыря мнихи точию в молчании сидети и каятисъ в своем безумии и еретичестве».
Как «изменника и еретика» Максима заточили в тесную келью, где он терпел мучения от дыма, голода и холода. Ему запретили читать и писать, лишили права переписки.
В чем находил он утешение долгих шесть лет, сидя под арестом в сырой и смрадной одиночной келье-камере? Быть может, вспоминал о страданиях отлученного от Церкви доминиканского монаха и приора монастыря Сан-Марко Джироламо Савонаролы, чьи проповеди он слушал в молодые годы во Флоренции? Пламенно и убедительно говорил Савонарола о равенстве всех христиан перед лицом Бога, призывал церковных иерархов возвратиться к бескорыстию апостольских времен… Говорят, прежде чем отправить Савонаролу на костер, его пытали по четырнадцать раз на дню.
На Афоне при монашеском постриге Михаил Триволис был наречен Максимом – в честь пострадавшего в VII веке святого Максима Исповедника. Ослепленные ненавистью еретики-монофелиты, захватившие власть в Церкви, отрубили руку Максиму Исповеднику и «подрезали язык», после чего он через несколько месяцев умер в ссылке. Не было ли наречение его именем знаком, что и Максиму Греку суждено немало пострадать?
По преданию, во время пребывания в темнице Максим Грек сочинил и записал углем на стене Канон Святому Духу Утешителю. Вскоре после этого ему явился ангел и сказал ласково: «О калугере[1]! Этими муками избудеши вечных мук».
В 1531 году Максима вновь затребовали на церковный суд, созванный теперь для осуждения Вассиана Патрикеева, одного из главных идеологов нестяжательства.
Исследователи биографии и творческого наследия Максима Грека до сих пор не пришли к единому мнению: для чего понадобилось снова судить уже осужденного и пребывающего в заточении узника?
Объяснением этому может служить недавно открытый историками факт существования некой грамоты-послания прота (главы) Святой Горы Афон к великому московскому князю Василию III. Сама грамота не сохранилась, но, по всей видимости, в ней могло быть ходатайство за афонского инока Максима.