Морские порты и прибрежные города
Первые испанские поселения на тихоокеанском побережье возникли на Панамском перешейке. Деревня Ната была основана в 1517 году. Город Панаму основали два года спустя в шести милях к северо-востоку от его конечного местонахождения. Местность, где основали город, была крайне болотистая, но имела важное стратегическое значение. Панама была конечным пунктом для судов, перевозивших серебро и золото из Перу, которое в дальнейшем переправляли через перешеек и морским путем доставляли в Испанию. Этот город также являлся складом испанских товаров, предназначенных для Южной Америки. Аудиенция со своей стороны была ответственна за получение перуанских слитков и транспортировку их через перешеек. Из-за частых приливов и отливов суда были вынуждены бросать якорь приблизительно в трех лигах (около семи миль) к юго-западу от старого города, в пункте Перико. Изначально Панама была застроена преимущественно деревянными зданиями, и во время посещения ее Томасом Гейджем в 1637 году уже имела укрепленный форт с несколькими орудиями, направленными в сторону моря, но город был абсолютно не защищен со стороны суши. Воспользовавшись этим, в 1671 году Генри Морган захватил город, разграбив и предав его огню, после чего новая Панама была отстроена на месте ее нынешнего расположения. В новом городе были воздвигнуты мощные фортификационные укрепления, включая полностью окружающую город каменную стену с количеством орудий, достаточным для того, чтобы дать достойный отпор в случае нападения. Но большинство зданий вновь были построены из дерева и сгорели во время пожара в 1737 году, после чего для строительства домов стали использовать преимущественно камень и кирпич.
Вдоль побережья к западу от Панамы существовало множество маленьких испанских поселений (Ната, Вилла-де-лос-Сантос, Пуэбло-Нуэво, Сантьяго-Аланье или Чирики), но большая часть страны оставалась незаселенной. Население жило за счет животноводства, рубки и переработки леса, натурального сельского хозяйства и добычи золота.
Поросший густыми лесами гористый остров Коиба (Куибо) в 12 милях от материка простирался в длину на 22 мили и долгое время служил пиратам комфортным прибежищем. Не имевший постоянных жителей остров время от времени посещали рыбаки и охотники за жемчугом, разбивавшие лагерь на его берегах. На Коибе было вдоволь пресной воды и всевозможной дичи.