Проект создания новой школы подготовил именно Полиандер. Изложив герцогу основные тезисы, он попросил, чтобы под новую школу был выделен земельный участок на северо-востоке Кнайпхофа, неподалёку от Кафедрального собора.
Ему возражали – называя лучшим местоположением Велау (ныне Знаменск), Нойденбург и Заальфелд (теперь это территория Польши). Однако герцог Альбрехт согласился с Полиандером.
На постройку здания было выделено 3000 гульденов. Учебный план соответствовал принятым в то время университетским программам и включал в себя, наряду со «свободными благородными искусствами» (типа словесности), теологию, юриспруденцию и медицину.
Надо отметить, что времена, когда теологи всерьёз рассуждали о том, сколько бесов может уместиться на кончике иглы или как быстро можно «проглотить дьявола», если не перекрестить ложку перед обедом, – те времена прошли. Теология, как и философия, начинала задумываться над иными проблемами – в частности, пытаясь примирить науку и религию.
Памятник основателю Альбертины Альбрехту Прусскому. Бронзовая скульптура работы И. Ф. Ройша установлена 19 мая 1891 года перед северо-восточной башней Королевского замка
Высший надзор осуществлял директориум, в который входили представители бургомистров Альтштадта и Кнайпхофа.
Здание было открыто 17 августа 1544 года. Университет насчитывал четыре факультета: теологический, юридический, медицинский и философский. Первоначально штат его состоял из десяти профессоров, у которых в обучении находилось несколько сотен студентов. Охотно поступали в университет молодые люди не только из Кёнигсберга, но из Данцига, Силезии, Венгрии, Саксонии, Польши и Прибалтийских стран. «Северный Виттенберг» – так его называли, подчёркивая приобретённое им значение европейского центра просвещения.
(В Виттенберге располагался один из самых известных университетов Германии. Именно там писал свои «штудии» Лютер. В XVI столетии Виттенберг являлся символом свободомыслия. Кстати, именно туда собирался поехать учиться герой Шекспира Гамлет, принц Датский, – если бы не отвлёкся на сведение счётов с дядей-братоубийцей.)
С 1548 по 1573 год университет присуждал степени бакалавров и магистров, а с 1640-го – докторов.
Самое старое здание университета примыкало к Кантовскому портику, в нём располагалась сенатская комната. Там же хранились документы, подтверждающие привилегии университета (в том числе право самостоятельно разрабатывать устав), академические акты и библиотека. Кроме того, в здании, украшенном рельефным изображением герцога Альбрехта и академическим гербом, имелись: