Главные его силы отданы филологии. Он занимается на кафедре русского языка; начинает печататься (Стиль и язык рассказа Чехова «Ионыч» // Русский язык в школе, 1959, № 1); пишет диплом о стиле Чехова под руководством академика В. В. Виноградова.
Уже в студенческие годы, Ч., не будучи диссидентом (хотя, естественно, диссиденты входили в семейный дружеский круг Чудаковых), столкнулся с давлением советской власти на свою научную жизнь. Студентом 5-го курса он был приглашен на I Международную конференцию по вопросам поэтики, проходившую в августе 1960 года в Варшаве, – она должна была стать настоящим научным событием: изучение поэтики в странах «социалистического лагеря» только возрождалось после ликвидации «формальной школы». Тогда Ч. впервые не выпустили за рубеж. С этого времени он стал невыездным (разумеется, как это было принято, без объяснения причин). В последние годы жизни в домашних разговорах Ч. вспоминал именно этот первый случай, глубоко его травмировавший: «Если бы я поехал на эту первую конференцию по поэтике, которой был так увлечен, – каким бы толчком могло это стать в моих научных занятиях!..»
В аспирантуру в те годы поступать сразу после Университета было невозможно, несмотря на рекомендацию Ученого совета: Хрущев потребовал, чтобы и рекомендованные в аспирантуру наряду со всеми выпускниками отработали два года прежде, чем начать научные занятия. По распределению А. П. стал преподавать русский язык в только что открытом Университете Дружбы народов – и едва ли не первым стал активно применять лингафонные средства, добиваясь больших успехов; восхищался лингвистической одаренностью студента одной из африканских стран – на новогоднем вечере 1961 года тот читал наизусть стихи Пушкина без единой орфоэпической ошибки…
Спустя год, летом 1962 года, при содействии акад. Виноградова проректор МГУ принял у Ч. документы (до этого безоговорочно отказав в этом) и допустил к экзаменам в аспирантуру; на А. П. произвело неизгладимое впечатление поведение проректора: не смотревший в его сторону при первом визите чиновник после звонка академика вышел к нему из-за стола со словами: «Что же Вы нас совсем забыли?!..».
Под научным руководством В. В. Виноградова была написана кандидатская диссертация Ч. «Эволюция стиля прозы Чехова» (М., 1966).