Возведение нового моста через Сену было инициативой предшественника Генриха IV, последнего короля из династии Валуа, Генриха III, который заложил первый камень в его основание в мае 1578 года. Изначальный проект предполагал совершенно другой мост, с домами и лавками по обеим его сторонам. В 1578 году, когда конструкция едва виднелась над поверхностью воды, жизнь в Париже перевернула Религиозная война, и в последующем хаосе работы над мостом были отложены более чем на десять лет.
В апреле 1598 года Генрих IV подписал Нантский эдикт, тем самым официально положив конец Религиозным войнам. За месяц до этого новый король завизировал документы, объявлявшие о его намерении закончить мост. Генрих III никак не объяснял свое желание построить новый мост; его последователь же, в свойственной ему манере, изложил свои цели четко и ясно. По его словам, мост возводился «для удобства» жителей Парижа, особенно деловых людей. Он был также необходим для модернизации инфраструктуры города: самый последний парижский мост, Нотр-Дам, к тому времени безнадежно устарел и был «слишком узок», как заметил король, чтобы справиться с транспортным потоком, переправлявшимся через Сену. Генрих IV писал, что движение стало гораздо более оживленным, поскольку к пешеходам и всадникам добавились новые средства передвижения. (Фактически транспортным средствам с тяжелыми грузами уже запрещалось использовать все существующие мосты.)
Мост Нотр-Дам, который упоминал король, был закончен в 1510 году. Как и все средневековые мосты, он был возведен на деньги за построенные на нем дома и лавки. Средства на постройку Пон-Нёф, где не было жилья, были взяты из непривычного источника: король поднял налог на каждый бочонок вина, ввозимый в Париж. Таким образом, как отметил Анри Соваль в 1660-х годах, «богачи и пьяницы» оплатили новый общественный проект.
К 1603 году мост был почти готов – во всяком случае, готов настолько, чтобы Генрих IV, никогда не отличавшийся терпением, решил, что настало время опробовать новое сооружение. Несколько человек перед ним уже попытались пересечь Сену, но постройка развалилась, и они рухнули в реку. Однако, как заметил, по свидетельству современника, ничуть не смутившийся Генрих, «никто из них не являлся королем». Монарх заставил людей уложить доски на опоры и по этой «все еще шаткой» конструкции в истинно королевской манере первым переправился через Сену – и даже успел вернуться в Лувр к обеду.