Ближайшее попечение о школах епархии, как и прежде, было вверено местному архиерею, а высшее заведование духовно-учебным ведомством – особому центральному учреждению при Святейшем Синоде, Комиссии духовных училищ[64]. Разработкой подробных уставов для школ всех четырех ступеней должен был заниматься М. М. Сперанский, но ввиду большой занятости он передал окончательную разработку архиепископу Феофилакту (Русанову).
Новый устав делал академии центрами богословской науки; их внутреннее правление, состоявшее из ректора, инспектора и эконома, находилось под попечением епархиального архиерея. Богословская литература стала быстро развиваться.
Особенно глубоко реформа затронула организацию обучения. Вся четырехгодичная программа академии была разделена на два двухгодичных курса. На первом курсе изучались словесность, эстетика, всеобщая философская грамматика, всеобщая история, история Церкви, древнегреческая и древнерусская история, математика, в том числе высшая; на втором – теоретическая и практическая физика, вся метафизика, история философии, догматика, этика, апологетика, герменевтика, гомилетика и каноническое право. Из языков – греческий, латинский, древнееврейский, французский и немецкий.
Полная шестилетняя программа семинарии состояла из трех двухгодичных курсов: риторики, философии, богословия. Здесь преподавались словесность, светская история, география, математика, физика, философия, Св. Писание, герменевтика, история Церкви, христианская археология, догматическое, нравственное и пастырское богословие, пасхалия. Изучение латинского, греческого и древнееврейского языков было обязательным, немецкого и французского – факультативным.
Уездные училища тоже готовили воспитанников в течение шести лет. Учебный план включал грамматику, арифметику, подробный катехизис, историю и географию в сжатом изложении, церковный устав, начатки классических языков и церковное пение.
В приходских школах учили чтению, письму, каллиграфии, четырем арифметическим действиям, началам русской грамматики, краткому катехизису и церковному пению.
Преобразование школ осуществлялось постепенно, начиная с Петербургского округа. Архимандрит Филарет (Дроздов) был назначен ректором Санкт-Петербургской духовной академии и введен в Комиссию духовных училищ, это назначение было высоким отличием. «Князь Голицын оценил его высокие дарования, соединенные с величайшим практическим тактом и способностью к быстрой и продолжительно-неутомимой деятельности»