Отмеченные характерные признаки судебной системы получают отражение и организационно-процессуальное проявление в судоустройственных понятиях, именуемых «звено судебной системы» и «судебная инстанция».
В соответствии с государственным устройством и административно-территориальным делением общие суды подразделяются на звенья. Содержание понятия «звено судебной системы» определяется кругом полномочий и обязанностей, предоставленных тем или иным судебным органам и характером выполняемых ими функций. Суды, составляющие определенное звено судебной системы, имеют одинаковую предметную компетенцию, аналогичную структуру, одни и те же функции и в большинстве случаев действуют в пределах территориальных единиц, приравненных друг к другу по административному положению.
Характерным признаком системы судов общей юрисдикции и арбитражных судов предстает инстанционная (процессуальная) взаимосвязь между судами различных звеньев указанных подсистем или между структурными подразделениями одних и тех же судов.
Под судебной инстанцией понимается судебный орган в целом или его подразделение, выполняющее определенную функцию при отправлении правосудия. Судебные инстанции различаются кругом процессуальных полномочий на рассмотрение дела по существу и на пересмотр его в порядке осуществления контрольного судопроизводства.
В судах среднего звена, а также в Верховном Суде РФ действует несколько инстанций. Каждая инстанция в этих судах самостоятельна и действует независимо от других судебных инстанций. Суд второй инстанции является вышестоящим по отношению к суду первой инстанции. Судебная инстанция, рассматривающая дело в порядке надзора, является вышестоящим судом по отношению к судебным инстанциям, ранее принимавшим решение по данному делу. Надзорные инстанции в системе судов общей юрисдикции действуют в судах субъектов Российской Федерации и в Верховном Суде РФ. Нужно сказать, что объединение в одном судебном органе нескольких инстанций вызывает критические замечания со стороны специалистов. Тесное общение судей в этих судах может повлиять на беспристрастное решение кассационных и надзорных инстанций по делам, рассмотренным по первой инстанции в этих же судах. Следует отметить, что этот недостаток организации судебной системы, несомненно сказывающийся на разрешении дел в судах общей юрисдикции и вызывающий обоснованную критику (например, со стороны адвокатов), в значительной мере преодолен в арбитражной подсистеме, где апелляционное и кассационное производства осуществляются в иных звеньях судебной системы.