С эпохами, для которых фактов имелось достаточно, ему всегда было трудно; он, например, связывая стадии с формациями, сумел ни разу не сказать, чему в строе языка соответствуют феодализм и капитализм. Зато в «доистории» было, где разгуляться. Один из его критиков еще в начале 30-х гг. писал: «Яфетидология страдает органическим пороком – неестественной дальнозоркостью. Она смотрит или в палеонтологические сумерки прошлого или в манящие дали будущего».
И, по выражению критика «нового учения» Е. Д. Поливанова (героя очерка «Метеор»), «то, что является постоянной ошибкой Марра, – это борьба со временем – анахронизмы… Названия, которые можно было бы назвать племенными, вытянуты из топонимики и переносятся вдруг в эпоху зарождения человеческой речи». Раскол Европы на католиков и протестантов (XVI в.) академик возводил к доисторическим временам. Это не наука, зато вспоминается такой современник Марра как В. Хлебников: тот тоже, по выражению Г. О. Винокура, «в своем видении сразу обнимал одним взором все времена и весь мир… Он, в высшем, конечно, смысле, «не понимал» разницы между VI и ХХ в., между египтянами и полабянами».
Марр не избегал иллюстрировать свои схемы примерами, наоборот, у него всегда на голову читателя обрушивается масса примеров из мало кому известных языков (хотя специалисты по таким языкам выясняли, что многие из них вымышлены или искажены). Как отмечал Е. Д. Поливанов, русисты, читая Марра, говорили, что русская часть его построений неубедительна, зато про шумерский язык очень интересно, а специалист по шумерскому языку (вероятно, имеется в виду В. К. Шилейко) считал, что про шумерский язык все неправильно, зато про русский язык любопытно.
Работа Марра с материалом видна, например, в его многочисленных этимологиях. Вот его немецкая этимология, производящая Hundert ‘сто’ от Hund ‘собака’: собака – собака как тотем – название коллектива, объединенного тотемом – все – много – сто. Очевидно, что хотя Марр говорил о «семантических законах», но для него исходно фонетическое сходство, а семантическое развитие придумывается (откуда и на каком этапе взялось наращение -ert и что оно значит, Марр не объясняет). Или уже русский «семантический пучок» модификаций «выкрика» БЕР: смерды – шумеры – иберы – сумерки – смерть – змей. Имеем шесть слов, три из которых известны и привычны, а три других – исторические термины, происхождение которых неясно и надо толковать. Все они фонетически как-то похожи, причем нет никакой регулярности в их соответствиях, а сходство может быть и очень большим (смерды и смерть), и крайне приблизительным, а в некоторых парах даже отсутствовать (змей и иберы). Три привычных слова можно при некоторой фантазии связать по значению (по крайней мере, смерть с сумерками и смерть со змеем), а три термина получают толкование (по Марру, смерды – «иберско-шумерская прослойка» русских).