Но пока еще Марр в основном следовал канонам своей профессии. Выдвинулся он не как языковед, а как филолог, затем как археолог (хотя в это время он написал и лучшие свои лингвистические работы, в том числе грамматику родственного грузинскому лазского языка, и сейчас ценимую специалистами). В ранний период своей деятельности он совершил несколько путешествий на Кавказ, на Афон и Синай, где изучал библиотеки православных и армяно-григорианских монастырей, найдя там ценные древнегрузинские и древнеармянские рукописи, которые издал. Видный немецкий богослов А. Гарнак после этого писал, что Марр доказал принадлежность грузин к «великой греко-христианской семье народов древности». Все эти памятники были церковными, сам Марр в те годы был старостой грузинской церкви в Петербурге и принимал участие как эксперт в канонических спорах. Кто мог тогда представить, что он единственным из членов Императорской академии наук вступит в партию большевиков? А как археолог Николай Яковлевич достиг еще больших успехов. В основном он раскапывал армянские памятники, прежде всего, древнюю столицу Армении Ани. В связи с этим его имя до сих пор окружено почетом в Армении (намного больше, чем в его родной Грузии).
Но и в начале ХХ в. Марр был популярен. Вехи его биографии уже в дореволюционные годы – неуклонный путь вверх: с 1891 г. приват-доцент, с 1899 г. магистр, с 1900 г. экстраординарный профессор, с 1902 г. доктор и ординарный профессор, с 1909 г. адъюнкт Академии наук, с 1911 г. – декан восточного факультета, с 1912 г. академик. Он быстро вошел в когорту знаменитых русских востоковедов. Позже его ученик академик И. А. Орбели скажет: «Вы знаете, что за люди были на факультете… Но… поверьте, гений был только один – Марр».
Но чем больше, тем дальше проявлялись черты сложного характера Марра. В его некрологе работавший под его руководством на факультете академик В. М. Алексеев напишет: «Это грандиозный, бурный, беспредельный темперамент… Это был вечный гейзер, не деливший своих вод на струи и назначения, – вулкан, действовавший в едином огне и сотрясавший все вокруг… При столкновении с людьми… особенно с людьми более размеренной жизни и более размеренных убеждений, не мог не причинять себе и им обид и огорчений, тем более что в окружающей действительности он вряд ли мог встретить людей, понимавших его во всех статьях». Сам Алексеев испытал этот темперамент и на себе: в 1913 г. Марр, тогда декан, запретил ему читать курс по учению Лао-Цзы, поскольку там излагалась «атомистическая теория на футуристическом языке». А сам Николай Яковлевич писал: «Я привык слушать всех, кто давал мне советы (а их так много), чтобы тем резче часто сделать совершенно противоположное». Единственным человеком, имевшим на него влияние, был его учитель, крупный востоковед барон В. Р. Розен, который уговорил его не публиковать наиболее вызывающие положения до защиты докторской диссертации, но после его смерти в 1908 г. воздействовать на вулкан стало некому.