Что касается траектории движения делопроизводства, то рекомендовалось «относиться бы не к лицам», а в учреждения, не прибегая к каким-либо «личным перепискам» и самим «подобные повеления» не принимать. Тем самым декларировалась внеперсональность сношений, поскольку традиция персонификации власти в России имела давние корни. Для реформирования центрального аппарата управления эти строки, адресованные губернаторам, приобретали принципиальное значение.
Следующим шагом в области администрирования стало учреждение министерств, провозглашенных Манифестом от 8 сентября 1802 г.[89] В тот же день был издан именной указ «о правах и обязанностях Сената»[90], согласно которому начальники губерний «должны относиться к нему рапортами и доношениями» (пункт 7). Начала создаваться и отлаживаться так называемая линейная система. Губернаторы становились чиновниками МВД, назначались по представлению соответствующего министра, от него получали указания, перед ним отчитывались так же, как капитан-исправник получал указания от губернатора и перед ним был ответственен за свою деятельность. Аналогично проводились линии Министерства финансов через Казенную палату, вплоть до уездного казначея и Министерства юстиции через губернские и уездные суды.
Сенат был вынесен из этой стройной исполнительной вертикали, поставлен особняком с целью контроля над ней и соблюдения законности. Ему вменялось в обязанность ревизовать местные органы управления, его департаменты превратились в высшие апелляционные инстанции для судов губерний. Но при этом сам Сенат принимать окончательные решения не мог, а лишь передавал свои заключения в другие правительственные учреждения, что привело к уменьшению его значения в государственной жизни.
Одновременно с утверждением министерской системы сформировался Комитет министров, который постепенно становился органом верховного управления, сочетая функции совещательного учреждения при императоре в сфере государственного управления. При Александре I Комитет министров выступал инструментом «коллективного руководства», в нем сосредотачивалась вся полнота власти в период выездов императора из столицы. Посредством коллегиального обсуждения здесь проговаривались механизмы проведения в жизнь управленческих решений.
На принципах коллегиальности учреждались 1805 г. и особые губернские комитеты