Однако за период с апреля до июня 1941 г. множество проблем наложили негативный отпечаток на, казалось бы, последовательный и безупречный план обороны Советского Союза. Наиболее серьезные из них были связаны с вспомогательным мобилизационным планом, который препятствовал полноценному и своевременному выполнению ПО-41. Среди упомянутых проблем были хаотичный и медленный процесс оповещения и трудности с транспортировкой и переброской войск, которые мешали вовремя сосредоточить силы на нужных участках фронта. Например, когда Сталин попытался организовать скрытную частичную мобилизацию пяти армий в период с апреля по июнь 1941 г., то никто не смог уложиться в намеченные сроки. В результате к 22 июня 1941 г. первый стратегический эшелон Красной армии остался без мощной поддержки второго эшелона, как на то рассчитывал советский вождь.
К 22 июня три оперативных эшелона первого стратегического эшелона состояли из 57, 52 и 62 дивизий соответственно, а также 16 из 25 механизированных корпусов Красной армии, размещенных в европейской части Советского Союза. Здесь не набиралось 186 стрелковых дивизий, предусмотренных ПО-41>12. Поскольку частичная предварительная мобилизация Сталиным пяти армий из внутренних военных округов СССР была неполной, 22 июня первый стратегический эшелон был подкреплен примерно 57 дивизиями, дислоцированными вдоль линий Западной Двины и Днепра. Правда, неполная мобилизация пяти новых армий осталась фактически незаметной для немецкой разведки, что явилось некоторой компенсацией их неукомплектованности. Этот факт в значительной степени опровергал предположения немцев о том, что большая часть соединений Красной армии была дислоцирована в западных военных округах Советского Союза и что разгром советских войск к западу от Двины и Днепра устранит любые военные препятствия для последующих наступлений на Москву, Ленинград и Киев.
Задача второго стратегического эшелона Красной армии состояла в том, чтобы начать общее контрнаступление в соединении с контратаками и контрударами четырех передовых оперативных фронтов. Однако, поскольку ни приграничные военные округа, ни пять резервных армий не завершили к 22 июня свое развертывание в соответствии с намеченными планами, вторжение по плану «Барбаросса» захватило военно-политическое руководство СССР врасплох