Бакатин передал войска КГБ министерству обороны. Это были те несколько дивизий, которые с дальним прицелом – на случай чрезвычайного положения – забрал у армии Крючков (103-я Витебская воздушно-десантная, 75-я Нахичеванская мотострелковая, 48-я мотострелковая, 27-я отдельная мотострелковая бригада).
Пограничные войска тоже вышли из КГБ, создали самостоятельный Комитет по охране государственной границы. После распада СССР Ельцин включил пограничников в состав министерства безопасности России. В 1993 году они опять получили самостоятельность, и была образована Федеральная пограничная служба. А при Путине пограничников вернули в состав ведомства госбезопасности.
Службу охраны (бывшее девятое управление, которое заботилось о членах политбюро) подчинили непосредственно президенту Горбачеву. При Ельцине были созданы два ведомства – Служба безопасности президента и Главное управление охраны, которое охраняло остальных государственных чиновников. Затем обе службы объединили в единую Федеральную службу охраны Российской Федерации.
Управление правительственной связи, 8-е главное управление (обеспечение безопасности собственных секретных переговоров и расшифровка чужих) и 16-е управление (перехват радио– и телефонных переговоров) тоже изъяли из состава КГБ и объединили в Комитет правительственной связи при президенте СССР. С 1993 года это ведомство называлось ФАПСИ – Федеральное агентство правительственной связи и информации при президенте России.
Президент Путин расформировал ФАПСИ накануне второй иракской войны. Первоначально президент сказал, что ФАПСИ поделят Федеральная служба безопасности и министерство обороны. Однако Главному разведывательному управлению генштаба ничего не досталось. Бывшее третье главное управление (радиоэлектронная разведка) ФАПСИ поделили между собой Служба внешней разведки и ФСБ. В состав Федеральной службы безопасности вошли также войска радиоэлектронной разведки и бывшее второе главное управление (безопасность связи, дешифрование и криптография).
Основная часть наследства ФАПСИ перешла к Федеральной службе охраны, как ни странно это звучит. В нашей стране по давней традиции служба охраны не только обеспечивает безопасность высших чиновников, но и присматривает за ними. Поэтому генерал-лейтенант Власик при Сталине или генерал-лейтенант Коржаков при Ельцине были столь влиятельными фигурами, хотя формально ведали лишь охраной и материальным обеспечением руководителей государства.