Наиболее полноценным было собрание в Майме. Затем, с переносом центра миссии в Улалу, туда же был перевезен и архив миссии. На эти документы ссылались протоиереи Стефан Ландышев[2]и Василий Вербицкий[3]. Они соответственно в 1856 и 1860 гг. написали две независимые работы, которые являются фактическими историческими описаниями истории миссии за первые десятилетия ее существования. Аргументируя свое повествование, авторы делают точные ссылки на входящие и исходящие документы миссии. В обеих работах содержится краткая предыстория миссии, дается характеристика родоплеменного состава и территориального расселения жителей Горного Алтая. В тексте выдерживается хронологический принцип изложения материала, а в структуре документов просматриваются главные направления деятельности миссии: организация станов, работа по «обращению» инородцев в православие и внедрение среди них новых форм хозяйствования и оседлого быта, благотворительность.
В 1880 г. резиденция Алтайской миссии была перенесена в Бийск. Там, в новопостроенном полукаменном здании начальника миссии разместился архив. Но в 1886 г. произошел пожар, который уничтожил весь первоначальный архив, в котором были как документы делопроизводства, так и записки и письма миссионеров, начиная с основателя. Архивы консисторий по раннему периоду Миссии, к сожалению, после периода лихолетья были частично утрачены, а то, что сохранилось, не систематизировано. Самые ранние документы нами обнаружены в фонде Барнаульского духовного правления (ЦХАФ АК Н.Ф. 26), датированные 1830 и 1836 гг. Некоторые важные документы оказались в фонде строительного управления Алтайского округа (ЦХАФ АК Н.Ф. 50). Эти документы отражают планировку первого миссионерского стана и облик первых миссионерских построек.
Что касается архивных документов второй половины XIX столетия, то в настоящий момент больше всего их сохранилось в областном архиве Томской области (ГА ТО): фонды Томской консистории – 170 (в разрозненном виде) и Алтайской духовной миссии – 184 (34 дела). Документы, относящиеся к концу XIX и первой четверти XX в., сохранились в наибольшем количестве в Центре хранения архивного фонда Алтайского края (ЦХАФ АК): фонд 164 (Алтайская духовная миссия, почти 300 дел), фонд 186 (Бийское миссионерское катехизаторское училище), фонд 188 (Бийский Тихвинский монастырь). Имеются интересные документы в хранилищах Государственной архивной службы Республики Алтай (ГАС РА). Архив располагает небольшим фондом (22 дела) улалинской Спасской церкви (Ф.Д.11), который включает в себя только метрические книги за 1870–1896 гг. Но поскольку ГАСРА стал систематически формироваться только с 1920 г., наибольшую важность имеют документы советского времени: фонд 33 (Ойротский областной Совет народных депутатов), фонд 51 (Административный отдел Ойротского облисполкома), а также фонд 91 (Улалинский волостной революционный комитет). В делах данных фондов имеются описи церковного имущества, характеристика строений, официальное делопроизводство о закрытии храмов.