Ученый считал, что существует три ряда факторов, от которых зависит детская природа: естественные, привитые культурой и наследственные. Естественные связаны с общими свойствами организма и возрастными изменениями. Тщательно исследовав ранний возраст, Каптерев выделил решающие, на его взгляд, для каждого года жизни характеристики развития ребенка до 5 лет. Он утверждал, что возрастные особенности не могут быть определены как плохие или хорошие, но могут быть усугублены при неправильном уходе за ребенком или неправильных воспитательных воздействиях со стороны родителей. Такие воздействия, по мнению ученого, могут быть потому, что взрослые не понимают, что «все свойства возрастов суть необходимые результаты истории человеческого организма» и пытаются форсировать развитие, чаще всего требуя от детей по меркам взрослой жизни и взрослых отношений.
Еще один ряд факторов формирования личности ребенка связан с воздействием окружающей его культуры, в которой воспитание занимает определенное, но не ведущее место. Каптерев не преувеличивает значение воспитания как такового и предполагает, что воспитательное воздействие тем эффективнее, чем большее подтверждение содержится в общем культурном контексте, окружающем ребенка.
Наиболее критикуемый в советское время, третий ряд факторов, влияющих, по мнению Каптерева, на природу ребенка, связан с наследственностью. В период педагогической деятельности Каптерева в мире существовал ряд современных Петру Федоровичу гипотез о том, что более «культурные» нации, прошедшие долгий путь развития, имеют явное интеллектуальное превосходство над «дикарями». Каптерев разделял это мнение, считая, что у более «цивилизованных» родителей дети, независимо от воспитания, обладют лучшими умственными способностями. По его мнению, именно наследственные признаки определяют индивидуальность каждого ребенка. Тем не менее, Каптерев отмечает, что «…часто то, что приписывается наследственности, есть результат ранней подражательности» (родителям или другим родственникам) и считает, что дурная наследственность может быть исправлена педагогическим воздействием. Ученый пишет: «…между наследственными индивидуальными свойствами часто встречаются и такие, которым лучше было бы, для счастья индивидуума, отсутствовать и быть замененными другими, более удобными и соответственными. Вот тут-то и является педагог со своими услугами общие дурные свойства искоренить, а на их место насадить хорошие».